本書用清光緒庚辰（一八八０年）賀麟瑞校刻本（即劉氏傳經堂本，簡稱賀本）為底本，參校本有明成化九年（一四七三年）陳煒刻本（簡稱陳本）、清康熙間呂留良天蓋樓刻本（簡稱呂本）、清同治壬申（一八七二年）應元書院刻本（簡稱院本）。明萬曆三十一年（一六０三年）朱吾弼編刻本、日本寬文八年（一六六八年）刻本，經抽對若干，與底本無多出入，故未詳校。
校勘過程中，凡屬明顯錯別字則徑改；凡有疑問則出注標明「似當作某」或「似誤」，以備一說；其他校改，均一一出注當面，並於正文加上符號以資識別：用圓括號者表示刪，用方括號者表示增、改。
在標點符號運用方面，若全條均屬朱子語則不標引號，凡有問答及引據之處則一一標明；若文義顯明則不用頓號，易混之處則一一標明。
賀本原有正訛一卷，因賀氏已將正文逐條改正，故刪去。原有記疑一卷，凡可資借鑑者，均隨正文出注於當面；其餘經校改後已無疑，故不再羅列。
本書結構除雙行小注改排單行外，一切依舊。
本書由王星賢負責點校，請鄧艾民審閱並作序，最後由編輯部定稿。
