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臺灣為海中孤島（臺灣紀略），古無聞焉，明人始來往其地（明史、香祖筆記。臺灣紀略曰：「地在東隅，形似彎弓，中為臺灣市，市以外皆海」）。其地在琉球西（臺灣紀略），有雞籠山、淡水洋（明史、東西洋考。明史曰：「中多大溪，流入海，水澹，故名淡水洋」）。東北至日本，水道順風七十更可達（明史。明史曰：「蓋海道不可以里計，舟人分一晝夜為十更，故以更計道里云」）。其雞籠城與明之福州對峙（鄭成功傳、臺灣紀略），至福州港口，五更可達。自臺灣港至澎湖嶼，四更可達。自澎湖嶼至金門，七更可達（明史。臺灣紀略曰：「澎湖舊屬同安縣，明季因地居海中，人民散處，催科所不及，乃議棄之。後內地苦徭役，往往逃于其中，而同安、漳州之民為最多。及紅毛入臺灣，並其地有之，而鄭成功父子復相繼據險，恃此為臺灣門戶」）。明人以其在澎湖嶼東北，故名北港，又名東番（明史、東西洋考），或稱臺灣（天下郡國利病書），更稱臺灣（明史。明史曰：「萬曆末，紅毛蕃泊舟于是，因事耕鑿，設闤闠，稱臺灣焉」。按番人呼臺灣為蒲流茂邪，則臺灣非紅毛所名也；蓋明人舊呼為東番或土番，故知臺灣、臺灣皆一音之轉耳，非別有意義也）。臺灣澳外沙堤名為崑身。自大崑身至七崑身，起伏相望，狀如龍蛇。復有北線尾、鹿耳門，為臺灣門戶。我海商之往貿販其地者，占據北線尾（臺灣紀略），呼其地為塔伽沙古，實高砂（長崎夜話草。臺灣紀略曰：「臺灣皆屬沙堤，地力最簿」。又曰：「安平鎮在一崑身之上，西畔沙坡」。又曰；「其西南畔一帶，原系沙墩，紅毛載石堅築，水衝不崩」）。而地多居人，自鄭芝龍、顏振泉始云（鄭成功傳）。
慶長十七年壬子（明萬曆四十年），明鄭芝龍及祖官來謁幕府于駿府，幕府親問以外國事。芝龍獻藥品（武德大成記、國史、武德編年集成。按祖官不詳何人），幕府命館之長崎（逸史）。芝龍字飛黃（鄭成功傳。本書曰：「小名一官」。按當時明人來我邦，率匿名稱某官，蓋一、二排行之類，官稱爺若郎之類，猶唐人五郎、三郎稱也；為小名者恐誤，故不取焉），後號飛虹將軍（武經開宗、華夷變態），泉州南安縣石井巡司人也。父紹祖。芝龍兄弟四人，仲芝虎，叔鴻逵，季芝豹，伯為芝龍。芝龍生而姿容秀麗（鄭成功傳），稍長膽智材略過絕等倫，時人或以戚繼光擬之（談往）。頗有文才（自作文祭陳謙事見于下），吹彈歌舞無所不解（談往）。紹祖嘗為泉州太守蔡善繼庫吏，芝龍時十歲，戲投石子，誤中善繼額；善繼擒治之，偶見其容止，笑曰：「後當貴而封」，釋而不問（明史紀事本末、鄭成功傳）。嘗失愛于紹祖，紹祖怒逐之。芝龍奔海船，而父怒未解；船刻期揚帆，乃懇巨商共往海外（談往），遂來本邦（鄭成功傳）。時年十八（談往），居肥前平戶（南塾乘、華夷變態。華夷變態曰：「賣履為業」。按芝龍至駿府與居平戶，歲月前後不可得而詳，姑系于此），稱平戶老一官（琉球事略）。後乘商舶數來往本邦（長崎夜話草）。
元和二年丙辰（明萬曆四十四年），琉球遣使于明，言日本有取臺灣之議；以其地密邇福建，明主詔警備沿海（明史。琉球事略曰：本邦議取臺灣。事可疑，恐鄭芝龍所為也）。
七年辛酉（明天啟元年），先是，南海盜起，海澄人顏振泉為魁。至是，振泉稱日本甲螺，率我邊民占臺灣地；甲螺猶頭目也（參取明史紀事本末、鄭成功傳、香祖筆記。成功傳，「振泉」作「思齊」。香祖筆記曰：「振泉引倭酋歸一王屯臺灣」。按歸一王，紅毛酋也，詳見于下；筆記蓋傳聞之訛，故不取焉），與群盜分十寨保焉（談往）。群盜陳衷紀、楊六、楊七、劉香、袁進、李忠等相共嘯聚（鄭成功傳。「袁進、李忠」，據明史）。芝龍之臺灣，與弟芝虎共入振泉黨曰：「請為我許一發艦而劫略，獲之多寡，得以卜我命」。振泉許之，眾亦相佐。俄而劫得暹羅好貨四舡，芝龍分每艘半與九酋；九酋以芝龍所請得，不受，悉畀之；于是芝龍富甲十寨矣（談往。「與弟芝虎共」，據鄭成功傳）。及振泉死，九寨無所統，欲推擇一人為長，不能定。因共禱于天，割牲而盟，插劍于米中，令各當劍而拜；約曰：「拜而劍躍動者，天所授也」！次至芝龍，劍躍出于地，眾皆異之，俱推為魁，縱橫海上（明史紀事本末、鄭成功傳）。時則輦金還家，或以琉球外國貨交易蘇、杭、兩京寶玩；沿海州縣，搶掠一空，以裕島中（談往）。明兵莫能抗，始議招撫。以蔡善繼嘗有恩于芝龍，合作書招之。芝龍感恩，為約降。受降之日，善繼坐戟門，令芝龍兄弟面縛請命。芝龍素德善繼，屈意下之；然芝虎一軍皆譁不服，故竟叛去（明史紀事本末、鄭成功傳）。總兵俞咨皋招撫楊六、楊七，而袁進、李忠亦降（明史）。芝龍因楊六求反內地，楊六不通（明史紀事本末）。
寬永三年丙寅（明天啟六年），芝龍據海島、截商粟。時閩中洊饑，望海運不至，于是求食者多往投之。芝龍得商船，勢浸大，與其黨朋謀攻廣東海豐嵌頭村以為巢窟。十二月入閩，泊于漳浦之白鎮（明史紀事本末）。
四年丁卯（明天啟七年），二月，芝龍犯銅山（按明史紀事本末舉大綱云；「七年六月，海寇鄭芝龍等犯閩山、銅山、中左等處」；而至其目，則中左等戰不詳六年、七年。鄭成功傳亦同。今從兩朝從信錄，定為天啟七年）。把總茅宗憲無備，芝龍縱兵殺略官民舍屋。四月，巡撫朱一馮入境（兩朝從信錄），遣都司洪先春率舟師擊之，而以把總許心素、陳文廉為策應，鏖戰一日，勝負未決。會海潮夜生，心素、文廉船漂泊失道，芝龍度之，竊遣兵上山，詐為鄉兵出先春後；先春腹背受敵，遂大敗，身被數刃。然芝龍故有求撫之意，欲微達意，故舍先春；進至中左所，俞咨皋戰敗，又縱之；約束麾下，竟不侵擾。警報至泉州，知府王猷謂：「芝龍之勢如此，而似有歸罪之萌，今勦之，難猝滅，撫或可行；不若遣人往諭退舟海外，仍許立功贖罪，有功之日，優以爵秩」。興泉道鄧良知從之，遣人諭意（明史紀事本末）。朱一馮上疏謂：「閩中官兵因循養廱，使賊勢益張，我氣遂奪。今欲發援兵，船與兵共損失，造募動費時日，而帑藏若洗，束手共困。臣暫借布政司庫銀，解咨皋債船，以圖再舉（兩朝從信錄）。八月，明主熹宗帝殂，莊烈帝即位，至明年改元（明史）。是歲臺灣人理加來本邦，幕府召而見之（外國通信事略。按理加不詳何人）。
五年戊辰（明崇禎元年），正月，工科給事顏繼祖上疏劾俞咨皋曰：「海寇鄭芝龍生長于泉，聚徒數萬，劫富施貧，民不畏官而畏盜。總兵俞咨皋招撫之議，實飽賊囊；舊撫朱欽相聽其收海盜楊六、楊七以為用。夫撫寇之後，必散于原籍；而咨皋招之海、置之海，今日受撫、明日為寇。昨歲中左所之變，楊六、楊七杳然無蹤，咨皋始縮舌無辭。故閩帥不可不去也」。疏入，逮咨皋下于理（明史紀事本末）。芝龍泉人，故侵漳而不侵泉。漳人議勦、泉人議撫，兩郡異議紛然；芝龍愈橫。于是朱一馮、朱欽相亦被逮治（綏寇未刻編）。三月，敕禁漳、泉人販海；芝龍縱橫福建、浙江海上（明史紀事本末）。福建左布政使熊文燦拜右僉都御史，巡撫福建，善遇芝龍，令為己用（明史）。六月，兵部議招芝龍。七月，芝龍率所部降于文燦（參取明史、明史紀事本末、鄭成功傳。按成功傳以降系九月者誤）。繼祖又言：「芝龍既降，當責其報效」；從之（明史紀事本末）。九月，芝龍殺衷紀于島上，發劉香父塚（鄭成功傳）。時紅毛夷出沒海島，數省被害甚劇。泊數十巨艘，填塞海口，據澎湖，築城營，慣用巨砲虎蹲，遠擊巨艦，無敢當鋒（武經開宗。紀效新書曰：「虎蹲砲因形得名。國初有纓子砲，近時有虎蹲及百子等砲，皆利器也；比之鳥銃，一可以當其百矣」）。豫章鄒維璉來撫閩（鄭成功傳）；右參政興泉守曾櫻素與芝龍善，請維璉以芝龍為將（明史）。芝龍計焚其舟；募龍溪人郭任功率十餘人，夜浮荷蘭船尾，潛入焚之，獲五十餘人，餘船悉遁（鄭成功傳）。大帽山有洞穴，內廣袤數百里，險隘要道可通五省，寇聚其中，跳梁難制。芝龍領兵繇武平進，令軍士各執鳥銃，五人為隊，連續點放，長矛夾攻，步推步進，侵入洞中，大破之（武經開宗）。
六年己巳（明崇禎二年），四月，廣東副總兵陳廷對約芝龍勦盜。芝龍戰不利，歸閩。不數日，寇大至，犯中左所近港；芝龍又敗，敵夜薄中左所（明史紀事本末。按本書不記此役結局，他書亦無所考。鄭成功傳崇禎三年條敘芝龍功云：「平廣賊」；然則其所指此役結局乎？姑書以俟後考）。
七年庚午（明崇禎三年），先是，芝龍舊黨李魁奇再降再叛（明史），遂聚大小戰船數百橫行海上，連破吉丫、小■〈山英〉二城，燒燬民屋殆盡（武經開宗）；熊文燦輕敵戰敗（據明史紀事本末吳暘語）。芝龍偕芝虎乘其不意，星夜水陸並進，遂擒之（武經開宗。按紀事本末云：「芝龍忌魁奇，斬之」；且系之二年條，今不並取）。海警漸息，而海盜鍾斌又起（明史。武經開宗，「斌」作「進」。明史紀事本末作「鍾凌秀」）。自閩海至廣東澳，所在侵略；之浙江，誘明兵敗之，總哨皆陣沒（綏寇未刻編）。後就撫，復叛，寇福州（明史）；肆妨商販，居民被害甚慘（武經開宗）。文燦誘而遣泉州（明史、明史紀事本末），芝龍迎擊敗之；既而蹙之大洋，斌投海死。數平閩中巨寇，芝龍力也（明史），以功任都督（鄭成功傳）；文燦亦敘功增秩（明史）。
初，芝龍之居平戶也，娶平戶士人田川氏女，生成功及弟七左衛門（參取鄭成功傳、田川七左衛門訴狀。或曰：「以七左衛門事問之平戶藩；曰：七左衛門冒母氏稱田川，田川氏今微而事蹟不詳」。新著聞集稍記七左衛門事，而「田川」作「田中」，誤。談往曰：「芝龍日就島主宴飲歌舞，主室有文君悅之，即成功生母也」。南塾乘曰：「芝龍娶長崎婦生成功」：按據華夷變態考之，長崎婦，芝龍妾，而與成功母異）。成功初名森材（明史稿）。其生也，島中萬火齊明，芝龍心異之（鄭成功傳）。是歲芝龍請迎其妻子于本邦，本邦許而遣之（華夷變態、南塾乘、長崎夜話草。「是歲」，據鄭成功傳。成功傳曰：「數請而不能得，迺遣人齎金幣往，圖畫芝龍為大將秉鉞橫絕海表軍容烜赫之狀，倭頗憚，受賂而歸之」；我文書所不載，且其事類兒戲，豈有之哉？蓋傳聞之訛也，今不取矣）；而妻及七左衛門猶留本邦（華夷變態。七左衛門，據其訴狀。南塾乘曰：「及芝龍貴，妻封國夫人）。成功時年七歲（鄭成功傳。按華夷變態曰：「時年十七」；而以成功卒年推之，與此條七歲之文，年紀相合，則變態之說誤矣），七左衛門纔二歲（據七左衛門訴狀「正保乙酉前年年十六」文推而書之）。後芝龍及成功貽書數招母子；母子自平戶詣長崎，然以七左衛門幼，辭而不赴。正保元年甲申，七左衛門年十六。以年漸長，成功強而迎之；芝龍妻謂七左衛門曰：「良人及汝兄數欲相迎，然我憐汝幼，辭之數矣。今汝稍長而不往，恐使汝失父兄之歡。今止汝于此，我將從其請詣彼地，請良人託每歲來舶贈銀以為資給。縱令我身不全，無足顧」。遂請航于幕府，幕府許之。翌年赴明；每歲贈銀于七左衛門。及後芝龍妻死節，七左衛門詣江戶，請赴明戮力成功，滅清以報讎；幕府令七左衛門貽書成功達其意。七左衛門數託書于長崎成功船；而成功船人貪縱，頗私財貨，恐七左衛門赴明，或發其事，故不達書。適會嚴有公薨，國哀多事，所志不達，還長崎而歿。子名道順，復姓鄭。七左衛門之請滅清報讎也，道順亦欲共父赴明，而事不成。及父歿，正德中來江戶，住吳服街，以醫為業，不仕而終（參取七左衛門訴狀、鄭道順訴狀）。
八年辛未（明崇禎四年），正月，明主召廷臣及各省監司議海寇備禦；福建布政使吳暘、廣東布政使陸問禮等所議，皆無奇策。二月，擢文燦兵部右侍郎兼右僉都御史，總督兩廣軍務兼巡撫廣東。時鍾斌餘黨入長汀，轉掠江西屬邑；文燦檄芝龍，芝龍擊破之（明史紀事本末）。
九年壬申（明崇禎五年），十一月，劉香犯福建小埕；芝龍時為遊擊，擊走之（明史紀事本末）。
十年癸酉（明崇禎六年），路振飛巡按福建，香數勾紅夷入犯。振飛懸千金，勵將士，遣芝龍大破之（明史。明史紀事本末云：「香侵長樂」）。
十一年甲戌（明崇禎七年），四月，香復犯海豐（明紀編年、明史紀事本末），閩、粵、江、浙靡有寧日（武經開宗）。明主責文燦。文燦不能討，乃議招撫（明史）；令洪云蒸、康承祖等入賊舟宣諭，俱被執（明史、明紀編年）。
十二年乙亥（明崇禎八年），四月，文燦欲以芝龍為援擊香，維璉等以香與芝龍有舊，疑不遣，曾櫻以百口保之（明史）。芝龍遂奉命，合粵兵擊香（明史紀事本末）。芝龍計寇，造巨艦于五羊城南。香偵知戰艦未成，大驅數百艘直突河下。芝龍即令沿河設兵，與芝虎領戰艦數十以迎。交戰之際，燒己艦以燒寇艦，令兵各以腰牌為號，火發齊投水中。寇亦投水。四圍小舟見牌號救之，無者斬殺，香逃去（武經開宗）。芝龍追迫于田尾遠洋（明史、明史紀事本末）。香脅云蒸出于舟中，令止兵；云蒸大呼曰：「我矢死報國，急擊勿失」！遂遭害（明史、明史紀事本末、武經開宗、綏寇未刻編）。芝龍揮淚激勵三軍，追兵大進（武經開宗）。香勢蹙，自焚溺死；承祖等脫歸（明史、明史紀事本末、綏寇未刻編。談往曰：「香恨芝龍數困己，窺其在漳鎮，欲遣心膂徒殲芝龍室；芝龍迎而佯歡，飲以酒殺之；開舡而詣香居，為再共事者而斬殺」。與諸說異）。是役也，芝虎竊隱于帆末，風轉及香船，大呼飛下，擊殺幾盡。芝虎勇悍，聲如乳虎，每戰深入，終戰歿矣（鄭成功傳）。浙西大盜屠阿丑與香合謀，至是擒斬（菊泉集）。香餘黨千餘人詣浙江歸款，海盜悉平（明史），通販益便（談往）。臺灣商舶歲詣本邦，至成功時以為常（華夷變態）。
十四年丁丑（明崇禎十年），明主信讒，疑曾櫻行賄謀擢官，命械送京師詰問。事關芝龍，芝龍具疏請罪。至士民擊登聞鼓訟櫻冤，命削芝龍官，猶令櫻巡視海道。時賊殘十餘州縣，櫻乃調芝龍勦賊；賊多降，一方遂寧（明史）。
十五年戊寅（明崇楨十一年），成功補弟子員，試高等，時年十五。成功生而風儀整秀，俶儻有大志。每東向而望其母。常為芝豹所窘，鴻逵獨偉之。讀書顈敏，不治章句。王觀光一見，謂芝龍曰：「是兒英物，非爾所及」！金陵有術士，祖之驚曰：「此奇男子，骨相非凡，俞世雄才，非科甲者」（鄭成功傳。明季文字曰：「觀光仕隆武，為戶部侍郎」。臺灣縣志載，有僧識成功前因曰：「此東海大鯨也，成功兵到處，海水皆暴漲」；其說荒誕，故不採焉）。
十七年庚辰（明崇禎十三年），八月，先是，芝龍任福建參將；至是累遷三省總戎大將軍大都督事南澳總兵，世襲錦千（參取明史紀事本末、武經開宗）。既滅香，澄清海氛，且以海利交通朝貴，寖以大顯（明史紀事本末）。
二十年癸未（明崇禎十六年），先是，賊李自成、張獻忠起，相繼陷諸州；明兵數失利，京師大震（明史）。鄭鴻逵中庚午武舉，隸都督孫應龍麾下。登萊之役，應龍敗績，逮繫天津；事白，以芝龍平紅夷功移蔭錦衣衛千戶，中庚辰武進土。是歲為福建副總兵（鄭成功傳），設南贛兵三千統之（明史紀事本末）。
正保元年甲申（明崇禎十七年、清順治元年），正月，前兵科給事曾應遴薦鴻逵曰：「緩急可用」；詔益兵二千，令以舟師守鎮江。二月，議京師城守，詔天下勤王。三月，封寧遠總兵官吳三桂為平西伯（明史。「平西」二字據三朝實錄），飛檄召三桂入關（明紀編年）。賊先入關，京營兵潰，城陷，明主殂于萬歲山（明史）。自成僭稱帝，國號「順」。既而三桂率兵入援（明紀編年）；賊遣人招三桂，三桂不從。時清主章帝令其攝政和睿親王多爾袞為將軍，伐明。三桂致書求援，多爾袞許之；且曰：「率眾來歸，封以故土，晉為藩王」。三桂復致書，約以首尾夾攻。多爾袞星夜進發，至山海關，三桂降于清；與清兵合擊，大敗賊。五月，多爾袞與三桂共擣北京，明臣民迎降（三朝實錄）。
福王名由崧，神宗孫、莊烈帝之兄也。避亂南下，鳳陽總督馬士英、兵部尚書史可法等迎而至南京；是月即位（明史稿），稱明年為弘光元年（明紀編年、三藩紀事、中興實錄）。史可法等為東閣大學士，入閣辦事；馬士英加太子太師，處軍務；總兵鴻逵鎮九江、黃蜚鎮京口。詔令黃斌卿防禦京口，調芝龍兵六千入衛。八月，張獻忠陷成都。封芝龍南安伯。九月，鴻逵移屯鎮江（明史）。十月，章帝即位，奠鼎燕京，國仍號清，建元仍順治（三朝實錄）。芝龍以總兵鎮守福建（明史）。
二年乙酉（福王弘光元年、唐王隆武元年、魯王監國未稱元、清順治二年），正月，福王在南京（明史稿）。四月，左良玉舉兵，稱除君側惡，將討馬士英，適病死，子夢庚東下，至采石戰敗；賞功，賜總兵鄭彩等銀幣有差（明紀編年。「總兵」二字據三藩紀事。按明遺民張斐曰：「舉兵者夢庚，非良玉」；然則編年說得實，明史稿為父子分兵陷州縣者蓋訛，故不取焉。按彩，蓋芝龍親族也，然不詳其系；華夷變態以彩為成功一名者，誤矣）。清兵破揚州，史可法等死之（明史）。五月，封鴻逵靖鹵伯。清兵進至揚子江；水師總兵鴻逵、彩等督兵守江，楊文驄監軍。清兵以大砲擊，每砲發，江水湧激數丈。二帥見勢不可為，遁去。清兵乘煙霧蔽江，縛芻置木筏上，張燈順流以下，紿京口兵；京口兵以為真兵，悉盡銃丸，而清兵潛從龍潭渡逼都城。王遁至蕪湖，中軍田雄挾王降清（參取明史、明紀編年、明史紀事本末、三藩紀事、三朝實錄、華夷變態。按明清鬥記曰：「芝龍裝士兵一千為日本人，令持火器，芝豹領之，遣鴻逵陣，臨江發大小銃禦之，清兵死傷無算；清人患之，謀設藁人，盡其火藥，然後得涉江」）。王踐位無幾，盛興土木，荒酒漁色，侈費無度。劉宗周、陳子龍等上疏極諫，不聽；識者豫知其不堪旦夕矣（參取明史、三藩紀事）。
唐王名聿鍵，端王碩熿孫也。南都失守，王避亂來閩；時彩、鴻逵亦徹師回閩，因奉之至福州，與張肯堂、吳春枝、黃道周及芝龍等會議，立王監國。時擁入徒豔翊戴功，咸請正位。諸大臣多言監國名正，出關尺寸，建號未遲；芝龍意別有在，亦固爭以為不可。惟鴻逵請正位，曰：「不正位，無以饜眾心以杜後起」；遂定議。閏六月，奉王即皇帝位于福州，改元隆武（參取明史稿、明紀編年、三藩紀事、明季遺聞）。封芝龍為平鹵侯、鴻逵定西侯（三藩紀事。粵遊見聞，「定西」作「定虜」），俱加太師（鄭成功傳）；以按察司為芝龍第。拜鴻逵為大將軍，擇吉授鉞。至期，大風雨，登壇時，所懸匾飄墜中鉞，柄折為二（粵遊見聞）。芝豹為澄濟伯（三藩紀事、鄭成功傳）、彩永勝伯（三藩紀事），彩弟聯都督總兵（明季文字。書「彩弟」，據鄭成功傳）。設六部九卿。蔣德璟等為大學士，入閣辦事。令萬元吉、楊廷麟守贛州；措置有方，營行宮，累疏將迎車駕，芝龍阻而不報（粵遊見聞）。芝龍薦曾櫻為工部尚書、東閣大學士，鴻逵薦楊文驄為兵部侍郎（明史）。時文武濟濟，然兵餉、戰守芝龍悉為政。八月，芝龍集廷臣議戰守，定兵二十萬：自仙霞關以外宜守者一百七十處，每處多寡不齊，約兵十萬；其餘十萬充戰兵精練，而明春將出關。合閩、浙、兩粵之餉，不足供兵食（明史稿、明紀編年、明史紀事本末、明季遺聞）；芝龍遣給事中梁應奇入廣督餉（明季遺聞），且令撫按以下捐俸助餉（明紀編年、明史紀事本末）。芝龍幼習海，知海情，凡海盜皆故盟或出門下。自就撫後，海舶不得鄭氏令旗不能往來。每一舶，例入三千金，歲以千萬計，以此其富敵國。府第安平鎮去泉州城南三十里，後築城于安平鎮，舳艫直通臥內。所部兵自給餉，不取于官，旗幟鮮明，戈甲堅利，其徒卒競勸；凡賊遁入海者，檄付芝龍，取之如寄。故鄭氏之勢，振于七閩矣（明紀編年、鄭成功傳、明季遺聞）。隆武尚未有嗣（明紀編年），芝龍見成功于隆武（三藩紀事）。隆武偉而撫其背曰：「惜無一女配卿！卿當盡忠吾家，無相忘」！賜姓朱，改今名，拜御營中軍都督；賜尚方劍，儀同駙馬。自是，中外稱國姓不名（鄭成功傳。東里新談曰：「福王以芝龍子為太子，事見明季遺聞」；而今考遺聞，絕無太子之文，誤讀遺聞耳；且唐王而非福王也。為太子之說本出于談往，而談往亦傳聞訛也）。芝龍遂令成功入侍，因得知動靜（明紀編年）。是時軍府草創，魁柄橫操，王雖英敏，芒刃無所斷割。芝龍、鴻逵屢薦其私人為清要官，王不允，以是懷怨望；及行郊天禮于南郊，二鄭皆稱疾不出。戶部尚書何楷劾其無人臣禮，宜正其罪；王喜楷敢言，令掌都察院事。已而鴻逵揮扇殿上，楷呵止之。二鄭交怒，楷知不為所容，請告去（明史稿。明紀編年曰：「何楷為大學士，入朝，與芝龍爭班」；粵遊見聞曰：「黃道周與芝龍爭班，何楷佐之」），中途為盜所傷。劉中藻亦以忤鄭氏去。或有密告芝龍專權者，隆武責芝龍，芝龍怒，佯謝事；隆武心知芝龍不可恃，無以制之，因復固留曰：「此非朕意，某言也」；芝龍竊中傷焉。于是，左右無敢支吾者矣（明紀編年）。芝龍以擁立非本意，日與文臣忤；且謂「清主神武，必統一宇內」，密挾歸款意，與清人招撫江南、福建者通聲問。成功知而患之。一日，見隆武，隆武愁悶而坐；成功泣奏曰：「陛下鬱鬱不樂，得無以臣父故耶？臣受厚恩，義無反顧，請以死扞陛下矣」（鄭成功傳）。七月，隆武將親征，頒詔文于四方；有云：「鄭家父子兄弟，實是將星聚于一門。勳臣芝龍，振古之豪傑」（明季文字）。隆武每欲躬履行間，而芝龍以缺餉為辭。芝龍所招兵，實不過數百，且疲癃不堪用。廷臣請出關者章滿公車，而鴻逵嘗以所掠美人十二獻，用居官衙。至十月，妃曾氏至。于是大營宮室，開織造府，親征議暫止（明紀編年）。是歲，魯王以海避難在臺州。時清招撫使適至錢塘江上，原任山西僉事鄭之尹子遵謙殺之，與張國維、方逢年等謀立魯王監國于紹興（明紀編年、明季遺聞）；以明年為監國元年，是年猶稱弘光元年（粵遊見聞）。是月，會閩中頒詔至，諸求富貴者爭欲應之。魯王不喜，下令將返臺；國維馳疏閩中辨明，然後返臺之議止。然浙、閩不和，成水火矣（明紀編年、明史紀事本末、明季遺聞）。廷臣屢請命芝龍出關，芝龍亦知不出關無以饜眾心，因將出兵（明紀編年）。十二月，令水軍先鋒都督副將崔芝修書二道、參將林高齎而來本邦請援兵（按崔芝書稱總督水師總兵官，然據明季文字所載今年隆武親征詔文，都督副將而非總兵，蓋臨裁書而權稱總兵也）；書曰：「竊惟東西南北，開闢之界限甚明；治亂興衰，元會之循還遞變；四維盡撤，國乃滅亡；五倫未毀，運必聿興。我大明一統開基，遞傳三百餘紀，列后延祚，相承一十六君。主聖巨忠，父慈子孝。敦睦之風，久播于來享來王之國；仁讓之聲，奚止于我疆我土之封。去歲甲申，數奇陽九；逆闖披猖，天摧地缺。蠢爾韃虜，乘機恣毒，羶汙我陵廟，侵凌我境土，戕害我生靈，□遷我重器；天怒人怨，惡貫罪盈。今我皇上神明天縱，乘龍御極，改元隆武，應運中興，親率六師，以蕩妖孽。命芝于肅虜將軍爵，下任芝以水師先鋒都督。芝荷重寄，誓不俱生；切圖吊伐大舉，不禁呼援鄰邦。環按（環字恐有誤）朝貢諸列國，有心者無力，有力者無餉，有餉者無舟械。恭惟日本大國，人皆尚義，人皆有勇，人皆訓練弓刃，人皆習慣舟楫；地鄰佛國，王識天時。我明人泉貨貿通，匪止一日，敬愛相將，不遠千里。芝葵心是抱，萇血在胸，欲盡主辱臣死之忱，難忘泣血枕戈之舉。特修奏楮，馳諸殿下；聊效七日之哭，乞借三千之師。伏祈迅鼓雄威，刻徵健部；舳艫渡江，載仁風之披拂，旌旗映日，展義氣之宣揚。一戰而復金陵，使叨半臂；再戰而復燕都，並藉全功。船械糧草，暨仰攜來；報德酬勳，應從厚往。從此普天血氧，共推日國斷鰲補石之手；而中華君臣，永締日國山河帶礪之盟。瀝血披衷，翹望明鑑，芝不勝激切痛籲之至！為此具本，專差參將林高齎捧，謹具奏聞」。又曰：「芝承王命，總額水師，招討浙直，以復南北二京。現駐浙江舟山，日出崇明縣金山衛與虜相持；恨兵寡械乏，未奏全捷。竊慕日本大國，威望隆赫，籠蓋諸邦。敬修奏本，請兵三千：一以聯唇齒之誼，一以報君父之仇。伏仰德威，發兵相助。外緣虜之長伎，以箭為先，芝軍因乏堅甲，戰輒傷；因思日國之甲，天下共羨，以禦弓矢，如金如石。伏懇俞允，准芝平價貿易明貳百領，一同大國精兵，前來征戰。倘得成功，皆荷大德，統容竭誠厚報。事關激切，一並專差參將林高齎捧，謹奏聞」。其書詞稱臣姓名（華夷變態）。
三年丙戌（隆武二年、魯監國元年、清順治三年），正月，崔芝書自長崎達江戶。幕府執政議曰：「本邦與明絕往來久矣，雖商舶至，事系私販，不關官府；然則林高之至，何得容易白幕府」！謝遣而不報（華夷變態。德川系譜曰：「賜以軍糧」）。芝龍分兵為二，聲言萬人，實不滿千；以鴻逵為大元帥出浙東、彩為副元帥出江西。隆武倣淮陰故事，築壇于郊，拜而送之（按明史稿，順治二年十一月王親行，鴻逵為御營左先鋒出浙江、彩為御營右先鋒出江西，築壇西郊，行推轂禮。夫命將專征，則有推轂之禮；親征之時，先鋒之發，豈有行推轂禮之理哉？蓋王親征與鴻逵等出師，明史稿歲月混雜為同時事，故致此繆耳）。既出關，疏稱候餉，駐不行；月餘，內催二將檄如雨，切責曰：「畏縮不前，自有國法在」！二將不得已，逾關行四、五里而還，仍疏言餉絕，留駐如故。黃道周憤師不前，因請募兵效死；隆武命芝龍助之資，芝龍不與一錢。兵出徽州，為清兵所擒，不屈而死。蔣德璟請行關察鄭師情形督戰，隆武許之；至則疲兵弱卒、朽甲鈍兵，一無可為，嘆息而去。李長倩以餉不繼，憂憤而死。趙玉成、張肯堂請以水師取金陵迎陛下，隆武催芝龍造船，芝龍笑諾；會有上疏言，水師諸臣宜留其家眷，事終不果（明紀編年、明季遺聞。芝龍出兵系是月，據明史紀事本末。明史曰：「黃道周字幼平，漳浦人，天啟二年進士，改庶吉士，授編修，為經筵展書官，數上書言時事。後翊戴唐王，王以道周學行高，敬禮之；而芝龍班在上，眾議抑芝龍，文武由是不和。及為清所執，囚服著書，臨刑過東華門，曰：此興高皇帝陵寢近，可死矣！監刑者從之。道周學貫古今，所至學者云集。銅山有石洞，道周嘗居之，故學者稱石齋先生」。書畫譜曰：「石齋善畫，人初不知也。臨難前作水墨大畫二幅，長松怪石，極其磊落」。明史曰：「蔣德璟字申保，晉江人，天啟二年進士，累遷禮部右侍郎，以淵博可備顧問，文體華麗，為禮部尚書兼東閣大學士。後以事罷職。及福王立，召入閣，辭不就；唐王立，召之，明年以足疾辭歸。王事敗，而德璟適病卒」。綏寇未刻編曰：「崇禎詞臣有經世略者，無過德璟，于錢糧士馬之數瞭如指掌，于上前亦能敢言；而帝素惡直，故遂不能用」）。二月，彩出師于杭州，敗退（三朝實錄）。隆武決意親征，駐建寧（明紀編年、明季遺聞。接明史稿，順治二年八月，鴻逵、彩出師，十一月王親征；然前年芝龍之議兵，既言令冬練兵、明年出師，乃編年、遺聞二書蓋得其實，故從之）。清主命多羅貝勒博洛、固山額真公土賴進攻福建、浙江（三朝實錄）。楚撫何騰蛟、江右楊廷麟皆疏奉迎隆武；隆武意欲往江右，猶豫未定，而芝龍固請回省。省中人數萬呼擁請還曰：「不還則絕天下望」！因駐蹕劍津（明紀編年、明季遺聞）。三月，隆武幸延平府。魯王遣行人林必達來。必達竊通信芝龍，欲私招徠；芝龍聞之隆武，隆武怒囚必達。六月，王子琳原生，進百官爵有差：封芝龍泉國公，尋改平國公；封鴻逵漳國公，尋改定國公（粵遊見聞）；封成功忠孝伯（鄭成功傳）。大赦覃恩，鄭氏廝養皆得澤。是月設主考官，取中舉人，猶雍雍太平象也。時兵羸餉絕，當路無談及兵事，舉朝如夢，不待識者而知其敗壞矣。浙東將士與清兵隔江相距，屢戰不勝，全軍遂潰。是月，魯王航海遁矣。隆武素與魯王相惡（明紀編年、明季遺聞），而芝龍嘗上疏薦舊輔馬士英于魯王，魯王令士英為辦事官，入錢塘江上方國安營，共謀恢復（粵遊見聞）。及清兵渡江，隆武遣使賚詔犒魯王軍，士英唆國安斬之，魯王師遂潰矣。魯王又使都督陳謙奉使命至，而以浙、閩相惡，謙懼禍，趑趄不入關。芝龍與之有舊，招而入；陛見，啟函稱皇叔父、不稱陛下，隆武大怒，下獄。芝龍疏救，不報。謙，武進人。乙酉春齎弘光詔封芝龍為南安伯（按芝龍為南安伯，據明史在前年，蓋明史所記發詔之時，而此條受詔時也），比讀券，乃誤書安南；謙謂芝龍曰：「安南則兼兩廣，南安僅一邑耳，請留券而易詔」。芝龍大喜，厚贈而別；及半途，而南京變矣。芝龍德之，故力救。監察御史錢邦芑出芝龍門下，得隆武信任，而知芝龍意，故密奏：「謙為魯王心腹，且為芝龍交厚，不急除，恐有內患」；隆武然之。或以告芝龍，芝龍謂：「謙臨刑，途必過我門，救之未晚」。至夜半，內傳片紙，徙別所斬之；芝龍聞，哭極哀，私厚葬之，為文以祭（明紀編年、明史紀事本末。「邦芑」，編年作「邦苞」，今從紀事及粵遊見聞）。先是，芝龍力請旋蹕福京；且云：「傾家相助，入關固守，敵何得飛渡」（粵遊見聞）；隆武不聽。至是，錢塘既破，寇警日急，疏稱：「海寇猝至，今三關餉取之臣，臣取之海，無海則無家，非遄往不可」。拜表即行；中使手敕止之曰：「先生稍遲，朕與同行」。比敕使至，芝龍既飛帆過延平。守關將施福聲言缺餉，徹兵還安平（明季遺聞）。先是，隆武令鄭為虹巡視仙霞關，芝龍部將奪民舟，為虹叱責之；芝龍訴于王，王為諭解。然是時芝龍既懷異志，令徹守關兵，仙霞嶺二百里間無一人（明史）。自芝龍去後，定議幸贛，不設守備；及清兵至，從容過嶺（明紀編年、明季遺聞）。七月，隆武出贛州，何騰蛟遣其將迎王。王將至韶州，而清兵已過衢州、抵閩關。八月，王奔至汀州，為清兵所執，死于福州。及永明立，遙謚思文皇帝（明史）。隆武好讀書，博通典故（明史稿）；然喜怒無常，號令屢更，督責過嚴，無愛民之政，是其所短（明史）。清將博洛別遣李成棟、韓固山略定興、泉、汀、邵、漳等州（明紀編年、明季遺聞。按固山清官名，明官提督之類；記者誤為名也，下金固山亦同）。清兵之未至泉州，芝豹先至，閉城門，大索餉，勒鄉紳富民家財，不應立梟之，抵暮而得數萬金。俄而固山兵至，芝豹兵潰，走安平（明季遺聞、鄭成功傳）。芝龍妻至自本邦，在圍城中嘆曰：「遙在異域，事既至此，今惜一死，何面目復見人耶」？登城樓投河水自殺。清兵吐舌曰：「婦女尚爾，倭人之勇可知也」（長崎夜話草。本書為成功走漳州時事，今從鄭成功傳系于此）。芝龍保安平，軍容烜赫，砲聲振波濤。前與清招撫使竊通信，又自恃先徹關兵，于清有功，閩粵總兵可立得，然猶豫未敢迎清師。博洛遣人招之，芝龍曰：「我非不慕清朝，恐以立主為罪耳」。時固山兵逼安平，芝龍怒，博洛麾而退之，貽書于芝龍曰：「吾所以重將軍者，以能立唐藩也。人臣事主，苟有可為，必竭其力，力不勝天，則乘時建不世之功，此又一時也。若將軍不輔立，吾何重將軍哉？兩粵未平，今鑄印以相待」！芝龍大喜（明紀編年、明季遺聞、鄭成功傳），召成功計事；成功泣諫曰：「父教子忠，不聞以貳；且北朝何信之有」（鄭成功傳）？子弟皆勸入海，曰：「魚不可脫淵」。芝龍不聽，遂進降表；過泉州，大誇張投誠勳，求官者就議價。至福州見博洛，博洛陽歡，折矢為誓，遂痛飲三日；夜半忽拔營，挾而北矣（明紀編年、明史紀事本末、鄭成功傳）。芝龍從者五百人在別營，臨去不得見，亦不許私通家信；對面逼令作家書，書無忘清朝大恩。芝龍曰：「龍本願不足慮，子弟多擁兵，倘有不測，奈何」？博洛曰：「此與爾無與，亦非吾所慮也」（明季遺聞）。博洛召成功，成功不至；芝龍日：「兒不至，清朝其疲于奔命乎」（鄭成功傳）！芝龍既行，彩、鴻逵率所部入海，張肯堂等往舟山從魯王，芝豹獨奉母居安平。芝龍至京陛見，奉朝請（明季遺聞）。魯王既航海，是月定西侯張名振護王至舟山，守將王斌卿拒不納；至廈門，芝龍已降，失所據，乃至南澳（三藩紀事）。
成功雖遇主列爵，未嘗豫兵事，意氣容貌猶儒生也。既遭國難，諫父不聽，且痛母死非命，慷慨激烈，謀起義兵。詣孔廟，焚所著儒服，拜先師，仰天曰：「昔為孺子，今為孤臣。向背去留，各有所用。謹謝儒服，庶先師昭鑑」。高揖而去。所善陳輝、張進、施琅、施顯、陳霸、洪旭等願從者九十餘人。乘二巨艦，斷纜行，收兵南澳，得數千人，文移稱「忠孝伯招討大將軍罪臣國姓」（鄭成功傳。按粵遊紀聞曰：旗號書殺父報國四字，出沒海上」；殺字恐有誤）。八月，芝龍使人黃徵明齎隆武及芝龍書、綵緞儀物詣長崎乞援兵，幕府下其議宗室三藩及執政（華夷變態。寬永小說，「芝龍」作「成功」，誤。和漢合運，「八月」作「十月」。按芝龍之發書在未降清之前，然其書不傳，故月日不詳）。尾張敬公、紀伊南龍公、水戶威公皆欲出援兵（寬永小說）；議未決，長崎奉行報云：「福州既敗，芝龍降清」，因令長崎奉行諭使者還，反其儀物（華夷變態）。執政諭諸侯，以援兵議罷（執政諭細川光尚書）。
永明王諱由榔，桂王之子，避亂于梧。以福州既失，廣西巡撫瞿式耜與兩廣總督丁魁楚議，十月立王監國，改元永曆；以明年為元年，以肇慶府署為行宮（三藩紀事、明季遺聞。「以明年為元年」，據行在陽秋及鄭成功傳康熙二年癸卯鄭經稱永曆十七年之文；但成功傳又曰「成功起隆武元年迄永曆十六年凡十七年」者，以隆武即位為明年，故差一年也）。十二月，清兵來攻，王乘舟避西峽（明季遺聞）。
四年丁亥（永明永曆元年、魯監國二年、清順治四年），二月，永曆至桂林，清兵來攻；三月，避武崗（明史稿、明季遺聞）。成功遙聞永曆即位改元，奉朔自南澳歸；時彩、聯兄弟據廈門、浯州，乃泊舶于鼓浪嶼，嶼與廈門纔隔帶水。七月，與彩、聯共攻海澄，不克。八月，與鴻逵合攻泉州，敗清提督趙國佐，追圍城；援至解圍，成功回島，鴻逵艤舟泉港（鄭成功傳、三藩紀事。按三藩紀事記成功始末條，率與成功傳同，故下文省煩而不並引）。汀、邵並亂，閩郵為阻（明季遺聞）。是月，清兵進湘潭、攻武崗，永曆纔以身遁（明季遺聞、三朝實錄）；播越入粵，次柳州，入象州（明季遺聞）。式耜出師克全州；十一月，永曆還桂（明季遺聞、行在陽秋）。鄭彩從魯王；是歲，魯王命彩及名振等殺斌卿，與肯堂謀，將還舟山（三藩紀事）。
慶安元年戊子（永明永曆二年、魯監國三年、清順治五年），正月，永曆駕在桂。清兵入全州（行在陽秋）。三月，駕幸南寧（明季遺聞、行在陽秋）。成功攻同安，守將棄城遁；成功令葉翼云守同安，轉侵泉州（鄭成功傳）。四月，成功子經生，立為世子（和漢合運），母董氏（鄭成功傳。明清鬥記曰：「經長而容貌雄偉，善弓馬擊劍」）。經或稱錦（尚之信傳）、或稱錦舍（華夷變態。按「錦」、「經」華音相近，故轉訛稱之耳，實非別名也。「舍」、「爺」又音相近，「錦舍」蓋「經爺」，而又非別稱也）。六月，駕幸潯州（行在陽秋）。七月，清帥佟國器等援泉州，鴻逵入潮，成功入島，留兵守同安；清兵攻陷城，翼云等死矣（鄭成功傳）。八月，駕幸端州，端即肇慶（行在陽秋）。清主授芝龍一等精奇尼哈番（三朝實錄）。是歲，魯王令大學士劉中藻略定福寧州，與平夷侯周崔芝相犄角，連復建寧、漳浦等府縣，軍勢頗張，溫、臺響應（三藩紀事）；以彩任征虜大將軍，封建國公，督理軍務糧餉。十月，彩貽書本邦乞兵器曰：「大明開國以來，普天之下，無不賓服。貴國于我，地雖遼絕，稱徐福裔，是非華人孫乎？故我太祖以來，與貴國交尤厚（按徐福祠在紀伊國熊野。明太祖時，沙門絕海之明，太祖敕令賦熊野詩，詩成，賜御製和，其詩意未嘗涉本邦為徐福後之事；彩不諳祖宗故事也，其以本邦為徐福後，又為太伯後，皆妄誕也，前人論具矣，不俟予辯駁也）；其餘暹羅、琉球、交趾類奉貢不絕，至今三百年。彼韃靼者何哉？文字不解，禮節無辨，人而禽獸，叛服無常。成祖赫怒，爰發六師，覆其巢穴，殆殲種類。而遺孽殘萌，猶尚實繁。前者甲申逆李之亂，乘敝猖狂，覆我宗社，仄聞貴國人民猶為之懷憤悶。今也先帝孫子所在起兵，荊、豫、兩粵既復版圖。彩現奉魯王，藩屏閩、浙，既恢復興、建、延、邵四府及二十餘縣，兵威所震，無敢當其鋒，起義宗室，皆競夾輔。魯王將校一千、徒卒百萬，水陸相分進勦。彩率舟師既發浙江，彩族定遠侯、鎮南將軍相繼出師。我國與貴國素唇齒相依，況彩藩與貴國殊相親，故有所請。軍旅殷繁，糧食日費數十萬石，括部下而不足給。日者平國侯馳使貴國，乞援謀恢復，不幸風濤大起，人船悉沒。彩將相繼發船，糧乏不遂。往日施贊自貴國還，言貴國亦憫彩苦心；然則惠以兵器，深荷厚誼。今使都督總兵陳光猷、陳應忠、施贊、江新駕舟三艘，齎藥材絲絹貿易，且以修舊交；請得以所齎諸品，交易貴地武器，鳥銃、腰刀、角甲、硝鉛，殊所懇求。貴國俞允，奏之朝廷，事平之日，記竹帛以垂永世。昔回紇應郭子儀募，盡力唐室；夷猶如此，何況貴國與我同派，能通詩書、能習禮義，見我艱難，不憫然乎？彩所發使价，如有貪利或事販鬻，亦不可測；貴國請註所需物件，付賤价而令無所違」。成功又貽書于長崎譯官曰：「大明龍興三百年，治平日久，人忘亂；韃靼乘虛破兩京，神州悉污腥羶。成功深荷國恩，故將蹀血以報讎；徘徊浙、閩間，感義頗有樂從者。然孤軍懸絕，千苦萬辛，中心未遂，日月其邁。成功生于貴國，故深慕貴國。今艱難之時，貴國憐我，假數萬兵，感義無限矣」！有故皆不報（華夷變態。按彩及成功書，本書不載原文，載「國語」譯文，今以所譯「國語」再修辭而為漢文，若得原文比校，字句之間不必符合，然于大意或不大逕庭也）。
二年己丑（永明永曆三年、魯監國四年、清順治六年），正月，永曆駕在端州（行在陽秋）。清兵陷州縣，何騰蛟、金聲桓等敗死（明史、三朝實錄）。成功募兵于銅山，令施琅、楊才、黃廷、柯宸樞、康明、張英等攻漳浦，清守將王起鳳降，授鐵騎鎮，改正兵鎮。尋下云霄，抵詔安，屯分水關。令黃廷、柯宸樞等守盤陀嶺。清兵來攻，宸樞死之（鄭成功傳）。五月，彩移咨琉球，求甲劒槍硝等；且以其國密邇日本，託而乞援于日本，相共發兵（華夷變態。按彩書曰：「陳邦傅恢復廣東、金聲桓恢復江西、吳三桂恢復北京、沐國公恢復云南」；此時云南孫可望倔強，陳邦傅在行在、吳三桂猶事清、金聲桓已死，蓋書詞張虛聲，總非實事也）。七月，永曆遣使至島，封成功為延平公（鄭成功傳）。清兵陷潮州（行在陽秋）。十一月，鄭芝鵬棄石榴城走，福建悉失（明季遺聞、行在陽秋。按芝鵬蓋成功之族也，然他無所考）。是歲，魯王還舟山（三藩紀事）。
三年庚寅（永明永曆四年、魯監國五年、清順治七年），正月，永曆駕在端州。二月，移蹕德慶，向梧州（行在陽秋）。八月，潮人黃海如、周全斌導成功入潮，敗清兵；師還，將入兩島（三藩紀事。按成功傳七年條所記錯雜無章，事實難辨，故不取焉。又按三朝實錄曰：「潮州總兵防而敗之」，不知就是）。先是，彩專魯藩柄，殺熊汝霖、鄭遵儉、錢肅樂等（明史）；至是，彩與聯猶據兩島，而聯沈湎不理事，其將章云飛恣肆不道，有敗兆。成功與部下謀曰：「兩島，吾家臥榻之側，豈容人鼾睡」？迺嚴兵自揭陽揚帆，抵廈門。時方仲秋，聯醉萬石巖；巖跨城東數里，鑿石成洞，奇瑰可愛，聯所結構。成功至，不迎；詰朝酒醒出見，成功笑曰：「兄能以一軍見假乎」？聯未及對，執銳者前矣，聯唯唯而已。成功麾軍逼聯船，部兵讋伏不動，于是並聯軍；兵勢日盛，海寇皆屬焉，凡兵四萬有餘。無幾，殺聯。初，成功之至也，威名赫烈，彩將出避，聯不從，故及禍矣。彩避南中，成功復之，卒于家（鄭成功傳）。十月，清兵陷州縣者十七，瞿式耜戰敗，伏節死。十二月，駕將幸南寧，途為陳邦傅所劫。南陽伯孫元胤聚散卒護蹕；身至南海，將募舊旅，為清兵所執；清將不殺，留以招杜永和（行在陽秋）。永和，廣州鎮帥也；廣州陷，奔瓊州（鄭成功傳）。
四年辛卯（永明永曆五年、魯監國六年、清順治八年），正月，永曆駕在南寧，尋幸安隆（行在陽秋）。成功將與永和接而謀事，率眾揚帆而南，指平海衛。清閩撫張學聖、道臣黃澍窺成功南發，急調馬得功取廈門。時鴻逵據潮之揭陽，將棄而守島；猶未至，守將鄭芝莞無守備，得功先遣數十騎渡五通登岸，兵民潰，得功得入島（鄭成功傳。「黃澍」二字據三朝實錄順治十年二月文）。隆武之駐延平也，令曾櫻留守福州；及福州敗，櫻挈家入島（明史），與成功出沒海上。是時在島，家人請避難；櫻不從，自經而死（按本書曰：「櫻與芝龍不合，從成功」；今考本傳，櫻與芝龍交厚，不見不合之事，本書恐誤矣）。不數日，鴻逵至，圍得功急，久而不能脫；誘鴻逵曰：「公等眷皆在安平，脫得功不出，恐有不利」。鴻逵患之，遂令逸去（鄭成功傳）。潮州總兵郝尚久與鄭氏相疑忌，遂降于清（行在陽秋）。四月，成功還師于島。得功既逸，成功大悔恨，按失律罪殺芝莞。芝莞，成功從叔也。諸將為之震肅，兵勢復振，凡兵六萬餘。鴻逵築寨據白沙。成功部將施琅風宇魁梧，知兵法，至鄭家樓櫓、旌幟、器械之制，皆琅所創。然恃才頗倨傲，得罪成功。成功將殺之，琅竄匿。成功殺其父及弟顯，謂「琅去必貽吾患」，逮捕急。部將蘇茂憐其才，令琅逸去，自白請罪，成功赦之，然憾其所為。琅降清為福建水師提督，駐海澄；後果為鄭氏患矣。五月，成功攻南安，敗清漳鎮王邦俊。十一月，與提督楊名高戰于小營嶺，敗之。十二月，攻漳浦，清守將楊世德等降（鄭成功傳）。是歲清兵陷福寧州，魯藩劉中藻、朱繼祚、湯芬等死之。清師遂逼舟山，定西侯張名振奉王復航海，令張肯堂城守。城陷，肯堂自殺。清師至寧波，名振弟名揚、吳鍾巒等死之（明史、三藩紀事）。名振之廈門依成功；成功扶助，整頓軍營。餘姚朱之瑜，崇禎十七年特徵不就，弘光元年復徵又不就；即授江西按察使司副使兼兵部職方清吏司郎中，監鎮臣方國安軍，復不拜。臺省論覈：偃蹇無人臣禮；之瑜逃避澥濱。此時在舟山，知時事不可為，豫避海外而竊圖恢復，與名振等通信（舜水文集）。
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