- 卷二
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聖祖康熙元年（永曆一六年、一六六二），魯王在金門（海東逸史）。
正月初八日，匡城外屋，王令要六千間。水部門城邊起至路通橋共一千三百間，內空地千餘間；不足。二十日，復匡荷宅、柳宅、金墩下、鄭道窟、打鐵墩等處復千餘間；又不足。將村邊田園百餘畝盡填作地起蓋，又不足。復自半洋起至東門河港浦下止，洋中之田量二百餘畝作地起蓋。所匡屋給銀大間八兩、中間六兩、小間四兩，每畝三兩。即日逐民離屋別住，與左右兩鎮兵住。城內住兵名曰「包」，城外住兵名曰「鎮」。經院巷與妓女住，開元寺前戲子住，龍山巷與打花鼓人住，各千餘人。
王兵家眷搬至本年正月未盡；蓋實兵有六千人，而門下作買賣者十餘萬，往來船隻，民間寸步難行。復於各鄉取正舵工；鄉間人未必能使船，每名折銀五兩（以上榕城紀聞）。
四月，福建總督李率泰奏：定海小埕賊眾盤踞，臣密會靖藩各調官兵擊走之。又萬安所先經遷毀，續被偽鎮楊宣等築壘新踞。臣復密會提臣馬得功調發官兵夾剿，賊不能支，揚帆遠遁（東華錄）。
五月八日，明招討大將軍延平王鄭成功薨於東寧。初，後提督萬禮密約黃梧，欲據思明州以叛，後隨征南京死，已祀忠臣祠矣；事泄，撤其木主。守銅山將蔡祿、郭義，其黨也，脅忠匡伯張進叛。進詐許，置酒請會，欲發火藥與之俱焚。蔡、郭知之，不赴，進遂放火自焚。清兵入銅山，洪旭會南澳忠勇侯陳豹敗之，清兵退。成功拔翁天祐鎮守銅山，而厚卹張進之家。豹守南澳近二十年，許龍、蘇利皆畏之，驕傲專恣，數違成功令。周全斌以銅山、思明州兵取南澳，豹不敢迎戰，揚帆入廣東投誠，封為慕化伯；未幾，病疫死。成功嚴諭搬眷，而鄭泰、洪旭、黃廷等皆不欲行，於是不發一船至臺灣，而差船來調監紀洪初闢等十人分管番社，皆留住不遣，島上信息隔絕。四月，成功遣兵官楊都事奉令箭到思明州殺董氏及其長子經，以與乳母生子之故。洪旭等不肯奉令，殺楊都事；而訛傳周全斌奉密諭欲殺諸將十餘人，於是人人自危。旭使全斌回廈門港，即執而拘之，黃昌勸鄭泰遂殺之；全斌求救於董氏，洪旭亦依違，乃得免。至是，成功疾革，猶日強起登將臺，持千里鏡望澎湖諸島。是日登臺，罷冠帶，請太祖訓出，坐胡床進酒；讀至第二帙，嘆曰：『我有何面目見先帝於地下也』？兩手掩面而逝。計成功自隆武丙戌起兵，經營海外十餘載，進取之志卒未能達；及退據臺灣，越年竟歿，春秋三十有九。提督馬信及諸鎮將黃昭等議以其弟世襲護理大將軍印。未幾，馬信以哭成功過哀病故。世襲以黃昭、蕭拱宸為腹心，劉國軒管鎮事，謀自立。報至思明州，鄭泰、洪旭、黃廷、工官馮澄世、參軍蔡鳴雷等立長子經為嗣，稱世子，發喪即位。是年，永曆帝已先一日被難，而經猶奉其正朔（海上見聞錄、小腆紀年、清史紀事本末）。
海上諸臣議復奉魯王監國（海東逸史）。
平南王尚可喜奏：總兵官許龍擒鄭成功之弟鄭成賜於廈門。得旨嘉獎，下部議敘。
六月，諭兵部：福建水師應設提督一員、總兵二員。此水師官兵應駐何處、每處應設官兵船若干？爾部會同大學士蘇納海、尚書車克速議奏聞。
七月，靖南王耿繼茂奏：漳州水師經制兵三千，原設遊擊二，分為二營；恐兵多不便約束，請增遊擊一，改為中、左、右三營。從之。
增福建長樂營遊擊一（以上東華錄）。
十月（小腆紀年作十一月事），洪旭、鄭泰以兵千餘人送世子經臺灣，周全斌為五軍，馮錫範（澄世子）為侍衛，陳永華為諮議參軍。至澎湖，其將李思忠船飄至臺灣，知諸將有謀，逃回。經因乘風入鹿耳門登岸，全斌令連夜伐木為柵扎營。次早，黃昭會諸將出兵，值大霧，晝冥，跬步不可視，諸將多迷誤失期；惟黃昭兵先至攻其前，劉國軒兵至攻其後，破營而入。經兵卻，復擠而前，黃昭攀木為梯，為流矢所中墜下；全斌斬其首，大呼示眾，軍士皆迎降。大霧忽晴，日已嚮午。經入安平鎮，請世襲待之如初。世襲委罪於其僕蔡雲，雲自縊。收殺蕭拱宸、李應情、曾從龍等，餘不問；諸將營兵守汛地如故。時靖南王耿繼茂移鎮福建，與總督李率泰遣中軍李有功等至思明州。鄭泰等議照朝鮮國例復耿、李，使疏請。泰遣中軍楊來嘉入京待命，不報。來嘉回，京中遣戶部郎中賁岱、兵部郎中金世德入閩招撫，凡海上文武官投誠者照品級補用（海上見聞錄）。
十一月，經率周金斌等同其叔世襲回思明州。後世襲入京歸命，授精奇尼哈番。顏氏、芝豹自戍所發回，准在京同住（同上）。
二十三日，魯王殂於臺灣（海東逸史、小腆紀年）。
靖南王耿繼茂奏：偽鎮威將軍左都督楊學皋率所屬官兵三千餘名、人民家口三萬有餘投誠，請從優議敘。得旨：歸順人民聽其自便安插。尋授學皋左都督，加太子太保，給三等阿思哈尼哈番。
十二月，耿繼茂奏：總兵官吳萬福奉命招撫偽總兵王士鰲等歸誠。
耿繼茂奏：自順治十八年九月起、至康熙元年七月止，陸續招撫偽將軍、都督、總兵並副、參、遊、守、千、把總等官共二百九十員，兵共四千三百三十四名，家口共四百六十七名，請敕部酌議各官給與銜俸，兵丁入伍支糧。
命福建水師提督帶兵四千駐紮海澄縣，左路水師總兵官帶兵三千駐紮閩安縣，右路水師總兵官帶兵三千駐紮同安縣。
裁福建海澄總兵官（以上東華錄）。
二年（永曆一七年、一六六三），永明王訃至，鄭經猶稱永曆年號（三藩紀事本末）。
三月，荷蘭國遣出海王統領兵船至福建閩安鎮助剿鄭氏（東華錄）。
鄭經使洪旭守思明州、鄭泰守金門、黃廷守銅山。而經得泰與黃昭往來書，欲襲取之；泰不自安，稱病不來見。四月，參軍陳永華謀以經將回東寧，調泰為居守戶官，統轄諸鎮；鑄居守戶官印，遣協理吳慎齎至金門。泰遣弟鳴駿入謝，經慰諭之；見陳永華，情款甚密。鳴駿回，力勸其行；泰遂於六月六日帶兵船並餉銀十萬至思明州。經以通書黃昭事面質之，遂交與洪旭監留。周全斌率兵並其船，獨蔡璋一船走脫。天未明，至金門。鳴駿倉卒與泰子纘緒率諸將及兵丁眷口下船，入泉州港，向總督李率泰投誠；船二百餘號，兵八千餘人。全斌等追之不及。泰見子弟家眷兵眾皆入泉州港，遂自盡而死（海上見聞錄、小腆紀年）。
七月，以黃而輝（黃廷子）為思明知州（海上見聞錄）。
八月，黃廷自銅山入見，經慰諭之。右武衛楊富、左武衛何義、禮官都事陳彭等皆先後內渡投誠（同上）。
靖南王耿繼茂奏：偽尚書參知軍政事蔡雷鳴密令其子偽侍郎蔡協吉、偽通政蔡源等攜眷來歸，應請敘錄。
投誠同安伯鄭鳴駿奏報：伊兄鄭泰遺命子鄭纘緒統所部文武各官四百餘員、水陸兵丁七千三百餘名各帶家眷，駕舟艦一百八十餘號，直抵泉郡港口投誠，並繳偽敕印等件。授福建投誠同安伯鄭鳴駿為遵義侯、永成伯鄭纘緒為慕恩伯。
九月，耿繼茂奏：偽慶都伯王秀奇投誠。
福建總督李率泰奏：偽忠靖（一作精忠）伯陳輝率文武偽官一百三十三員、兵一千六百名、家口八百餘名投誠。管理福建安輯投誠事務郎中賁岱奏：偽統領挂寧南將軍印左都督陳舜穆率轄下總兵二員、副總兵六員、參將二十員、遊擊十九員、都司三員、守備一員、兵部主事一員、工部郎中一員、監紀推官二員、兵丁一千名投誠（以上東華錄）。
荷蘭集夾版船十六隻、兵數千人，會約靖南王總督同攻金、廈兩島，事定之日，欲求浯嶼築城貿易，如廣東香山澳例，復准納貢互市（海上見聞錄）。
十月，陸路提督馬得功督鄭鳴駿以船數百號出泉州港，水師提督施琅同黃梧出海澄港，靖南王耿繼茂同荷蘭兵札營同安劉五店，約期渡海。
李率泰奏：偽總兵魏明等率眾來歸，請從優錄敘。
李率泰奏：延、建等處皆高山峻嶺，賊首王鐵佛等倚險結巢；建寧、延平、邵武將弁統兵剋期夾剿，三路齊進，奮勇力戰，殺賊一百一十七人、生擒王鐵佛等六十八人正法。又奏：鄭錦遣偽副將林維等率舟師由海門欲乘風直入海澄，燒新造戰船。提臣施琅密遣守備王明等統水師，夜半直抵海門；賊■〈舟宗〉前來拒敵，我兵奮勇，陣殺偽副將林維等，生擒賊將兵丁共一百二十五名，奪獲船隻、器械。
十一月，李率泰奏：海寇五百餘人由梁山侵犯海疆，總兵官王進功、參將折光秋夾擊，大敗之，殺賊一百六十餘人、生擒九人。
耿繼茂奏：鄭芝龍子鄭世襲素蓄歸順之心，緣鄭成功攜往臺灣。及成功暴亡，復被逆孽鄭經帶回廈門，脫身無術。至是，乘間率偽文武官二百二十四員、水陸兵一百二十名家口、船隻、盔甲、器械等物投誠。又偽都督鄭賡系同安伯鄭鳴駿之弟，攜帶官兵共三百一十五員名、家屬共三百四十二名口投誠。
耿繼茂奏：偽都督僉事陳宗等文武官二百三員、兵丁三千二百二十五名並戰艦、盔甲器械等物投誠（以上東華錄）。
鄭經率黃廷、周全斌等會於金門。全斌曰：『海澄之師猝未敢前，惟泉州會合紅夷夾板而來，其勢甚銳；破之，則各港氣奪，不戰自退矣』。洪旭曰：『先王破達素，悉空廈門，背城一戰』。乃出眷口暨流寓之宗室、紳兵寄椗各嶼，而列舟師於大擔，以為全斌援。荷蘭船高而且大，一船有大小熕銃千餘號，橫截中流，為清船藩蔽。是日，砲聲自辰至酉，相續不絕，一似霹靂。經見荷蘭船砲多，眾寡不敵，乘潮漸漸退出浯嶼。全斌等十三號船在後，迫於潮長不得出，直繞荷蘭船之後，衝■〈舟宗〉大而入。荷蘭船發熕齊擊，無一中者。馬得功坐鳴駿中軍船，全斌誤以為鳴駿，直前攻之。黃廷中軍將吳朝宰、經親軍將蕭乘龍前後夾攻，揮兵過船。得功親隨鐵甲精兵三百人皆被殺，得功頓足，自投水而死。全斌訊降卒知之，嘆曰：『吾欲擒獐，乃中一虎，豈是賊未合死邪』？再遇楊富船，全斌喝曰：『叛賊！今日是汝死日』！沖入逼之，富投水，遇小艇救之得免。已而守高崎將陳昇密款於官軍，漳州軍施琅、黃梧乘潮落援之，耿繼茂、李率泰亦各濟師，經眾寡不敵，退守銅山。黃廷議欲再守數日，全斌以為船多損壞，不可；遂棄兩島而去。官軍入，墮其城，收其寶貨婦女而北。梧勸率泰乘勝逼銅山。率泰曰：『窮寇勿追，急之則逸，入臺灣後難圖矣。乘彼人心未定，招撫以散其黨羽，計之上也』。乃遣使至銅山，宣布朝廷德意，密通諸將，許生擒鄭經者封同安侯，鎮守泉州如海澄公例。惟洪旭笑而卻之。先是，李率泰給示，准島中百姓過界。思明州知州黃而輝請准島民渡海，令下三日，永華復復經禁之。至是清民入島，遺民尚數十萬，多遭兵刃，男婦系累、童稚成群，若驅犬羊，連日不絕。而投誠兵搜掠財物，發掘塚墓，至剖鄭彩之棺而殘其屍；墮城焚屋，斬刈樹木，遂空其地，「嘉禾斷人種」之讖應焉（海上見聞錄、小腆紀年）。
十二月，耿繼茂、李率泰等奏：臣等統率大軍，渡海攻克廈門，賊眾驚潰登舟；水師提督施琅會荷蘭國夾板船邀擊之，斬首千餘級，乘勝取浯嶼、金門二島。鄭錦、周全斌等勢窮宵遁（東華錄）。
案此次戰事，官軍實大敗，大將馬得功至投水死，乃掩敗為勝如此；則經自棄兩島，而官軍得以為功耳。
耿繼茂等奏：十月二十八日，鄭錦等遣兵五千人突犯雲霄；右路總兵官王進功率官兵逆擊之，斬殺過半，餘眾盡赴水死（東華錄）。
總督趙廷臣閱界（福州府志）。
三年（永曆十八年、一六六四）正月，管理福建安輯投誠事務戶部郎中賁岱奏：鄭芝豹生母黃氏率子姪眷屬等赴閩投誠。
李率泰奏：原任提督馬得功攻取廈門、金門二島，力戰死。得旨：從優議卹。
靖南王耿繼茂奏：年雖未邁，疾病相仍，子精忠未諳軍旅，懇賜遣歸，俾臣力疾教之，訓以備驅策；允之。
授福建投誠偽伯陳輝為慕仁伯。
二月，耿繼茂等奏：福寧總兵官吳萬福招撫偽鎮林國樑投誠，隨遣遊擊李應先等協同攻克長腰、東蚶二島，寇巢破滅，阮春雷、張煌言僅以身免。得旨：從優議敘（以上東華錄）。
鄭經駐銅山，諸軍乏糧。周全斌欲襲洪旭而並其船，旭亦防之；值海風大作，船各飄開，全斌遂率其眾入漳投誠。旭以杜輝守南澳，輝亦掠其輜重投誠。林順亦自鎮海投誠。旭謂經曰：『金、廈新破，差官僕僕前來，非為招撫，實窺探以散人心；當速過臺灣，遲則變生肘腋矣』。三月，經乃同馮錫範、陳永華等悉眾東徙，命黃廷斷後。工官馮澄世一船為其家丁所迫，自投海中死。旭以二十舟候黃廷同行；廷部兵將多不願，適黃梧遣陳克竣來招降，廷遂入漳投誠。旭自往東寧。過澎湖，設重鎮守之。改東都為東寧，天興、萬年二縣為州。分諸將耕屯荒地，造京館以處宗室遺老之相從者。度曲徵歌，示無西意，以與民休息焉。李率泰盡徙諸島遺民於內地，開界溝、築界牆，五里設砲臺、煙墩，二十里設營將守之。弁兵得賄，縱出入；或睢眥殺人。失業流離之狀，不可言矣（海上見聞錄、小腆紀年、皇朝年表）。
耿繼茂奏：偽將張燦、吳盛等率領兵民渡海投誠，群賊分■〈舟宗〉來追，意欲乘機入犯內地；總兵官王進功統兵馳剿，殲賊眾於陸鼇、破賊巢於下蔡，斬首千餘級，接應投誠人等入界。
五月，耿繼茂等奏：三月初六日，臣與總督李率泰、提督王進功、海澄公黃梧等領兵先後至八尺門，偽威遠將軍翁求多率兵民六萬餘人納款。十四日夜半渡海，進拔銅山，斬首三千二百餘級；偽都督余寬等率偽官兵家屬人等三萬二千四百餘名出降，所獲船隻、盔甲、器械無算。鄭經僅存數十艘，乘風遁走臺灣。計閩海地界凡數十島，賊巢布列，至是掃滅殆盡。授投誠周全斌為承恩伯，食三等伯俸。
六月，李率泰以病求罷，諭留之。
以朱昌祚為福建總督（由浙江巡撫遷）。授投誠黃廷為慕義伯。加致仕福建總督李率泰為正一品。
李率泰奏：總兵官李長榮等出洋會剿張煌言，擊敗五千餘人，擒偽總兵張賢等，並獲船隻、器械。
七月，管理福建安輯投誠事務賁岱奏：自康熙元年至三年止，合計投誠文武官三千九百八十五員、食糧兵四萬九百六十二名、歸農官弁兵民六萬四千二百三十名口、眷屬人役六萬三千餘名口、大小船九百餘隻（以上東華錄）。
八月，李率泰上疏議取臺灣，以福建水師提督施琅為靖海（一作南）將軍，承思伯周全斌、太子少師左都督楊富副之，整舟師數百號候風開洋（海上見聞錄、皇朝年表）。
十月，耿繼茂奏：荷蘭國出海王於八月十六日帶領番船十隻、番兵千人抵閩安鎮，約九月二十至圍頭取齊，於十月初旬往澎湖攻賊巢，候風便進取臺灣（東華錄）。
四年（永曆十九年、一六六五）正月，李率泰奏：閩海廈門各島前已蕩平，惟南山、鎮海、佛潭橋一帶餘孽盤踞；總兵劉進忠等進剿，於三年九月初四日親統官兵，陣斬七千有奇，招撫男婦一萬三千餘名（東華錄）。
水師提督施琅疏請攻臺，與周全斌等出洋，未至澎湖，颶風大作，各船飄散，不能相顧，皆引還。未幾，琅、全斌入京。進琅伯銜，為內大臣，歸旗（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
五月，議政王等會議吏部奏請裁並督撫一疏，得旨：福建仍留總督一員。
六月，李率泰奏：漳、汀地方遼闊，請以守漳道仍駐漳州，巡建道仍兼轄延平，守建道自建寧府改駐汀州，兼轄郡武；從之。
八月，兵部議敘康熙二年進取金門、廈門、康熙三年攻克銅山等處功，加靖南王耿繼茂俸銀一千兩，賞海澄公黃梧大蟒、貂裘、鞍轡等物，加黃順等二十人為左都督、施琅等六人為右都督、陳斌等十一人為都督同知、黃英等十一人為都督僉事。總兵楊富以進援中傷，落水復出，授拜他喇布勒哈番，准襲二次。各將士加等授職有差。
九月，李率泰奏：水師右路總兵官杜永和連破海寇，斬偽將烏角車等。
上諭：設立水師提督、總兵官等，原為防禦海寇。今福建銅山、炫鐘等處賊船挽泊，提鎮官等並未帶領官兵撲剿，至賊船飄往廣東，並未跟蹤追殺，又不豫檄廣東各官在前截殺，則設立水師提督何用？以後若再如此，定行治罪。
五年（永曆二十年、一六六六）正月，李率泰卒。遺奏閩海餘氛遠竄臺灣，奉旨撤兵，與民休息，洵為至計；惟是將眾兵繁，若撤之太驟，不無驚惶，太遲又恐貽患。目下當安反側之心，日久務防難制之勢。紅毛夾板船雖已回國，然往來頻仍，異時恐生釁端。閩省兵馬、錢糧專望協餉，倘若外解不周，即有意外之慮。至數年以來，海禁甚嚴，遷移之民盡失故業；宜略寬界限，俾獲耕漁，稍甦殘喘。
以張朝璘為福建總督（原任江西總督）。
十一月，福建巡撫許世昌以病乞休，命以原官致仕。以劉秉政為福建巡撫（以上東華錄）。
是年，曾養性補福建巡撫（逆臣傳）。
六年（永曆二十一年、一六六七）三月，以祖澤溥為福建總督（貳臣傳）。
七年（永曆二十二年、一六六八）四月，海澄公黃梧奏：海疆底定，非昔日強寇出沒可比。福建全省之兵並歸經制，獨同安城守一營官兵，尚屬臣標；請將城守營副將一員、兵一千名悉歸經制，聽總督、提督管轄。從之（東華錄）。
八年（永曆二十三年、一六六九）正月（紀事本末作七年事），浙江投誠將孔元璋請往臺灣招撫；京中遣大臣明珠、蔡毓英至泉州，加興化知府慕天顏卿銜，渡海往議。鄭經遣柯平、葉亨到泉州，議照朝鮮例稱臣奉貢，不剃髮、不登岸。議竟不成。經在東寧，以陳永華理國政，馮錫範管侍衛、劉國軒等管兵。洪旭病故，其子洪磊及永華姪繩武等皆任用。置鳳山、諸羅二縣，課耕種、通魚鹽，安撫土番、貿易外國，數年間海上亦相安無事（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
三月，以劉兆麒為浙江福建總督。
九年（永曆二十四年、一六七○）閏二月，復設福建總督一。
四月，復設福建分守興泉道、巡延建邵道，其福州府、福寧州海防事歸驛鹽道兼管，興、泉二府海防事歸興泉道兼管。
以劉斗為福建總督。
十月，浙江福建總督劉兆麒奏：偽寧遠將軍林柏馨、偽都督施轟率偽官百四十四員、兵千六百九十名、船三十隻自臺灣赴浙投誠。
十年（永曆二十五年、一六七一）正月，耿繼茂奏：舊疾日劇，請以長子精忠管理軍務；從之（以上東華錄）。
耿繼茂卒，子和碩額駙精忠襲（皇朝年表）。
五月，予故靖南王耿繼茂謚「忠敏」。
八月，福建總督劉斗奏：海寇自撤水師之後，帆檣出沒，侵犯靡常，甚至在各島嶼蓋造房舍。臣等密商機宜，配發水陸官兵陸續搜剿。今已搜剿六十餘島，斬溺賊眾五千三百八十餘人（以上東華錄）。
十一年（永曆二十六年、一六七二）九月，命福建總督自漳州移駐省城（東華錄）。
是月，范承謨為福建總督（東華錄）。
十二年（永曆二十七年、一六七三）二月，鄭經將劉國軒下海澄，遂圍漳、泉。先是，都統胡圖復漳、泉，經奔廈門，國軒亦棄惠州去，凡七府一時俱潰。至是，國軒復出，沿洲堡連下十餘處；兵僅數千，飄驟馳突，鋒銳不可當。於是都統穆赫林敗於灣腰樹，將軍喇哈達、都統胡圖敗於鎮北山，將軍賴塔、提督段應舉敗於福山頭。國軒遂取平和、漳平，進破海澄，斬應舉及總兵黃藍，兵士死者三萬餘、馬萬餘匹，軍勢益振；乘勝下漳平、長泰、同安，略取南安、惠安、安溪、永春、德化諸邑。國軒自圍漳，遣兵圍泉。康王傑書時駐軍福州，不敢進。已而在籍學士李光地為鄉導，引賴塔兵由安溪間道出同安，泉州圍解，國軒退入海澄；時出窺漳州，相持年餘不決（清史紀事本末）。
七月，靖南王耿精忠奏請將部下官兵撤回安插（東華錄）。
議政王大臣等議奏：福建今已底定，地方有防守官兵；靖南王既請自福建遷移，應將王本身並標下十五佐領官兵家口均行遷移。從之（東華錄）。
十一月，吳三桂反，止閩、粵兩藩勿撤（皇朝年表）。
十三年（永曆二十八年、一六七四），三藩難作，耿精忠據福建以叛。三月十五日（李文襄年譜作二十九日），精忠傳各官入府議事。總督范承謨不屈，被拘，以巡撫劉秉政為統制使，蕭震為布政司，自稱總統兵馬上將軍，移檄各府縣；望風降。泉州提督王進功夜縱諸將焚劫；馬惟興劫興化、郭維藩劫惠安，獨同安城守張學堯、晉江水師營李尚文所部無犯。初，精忠遣通事王鏞至臺灣乞師，請以舟師由海出江南，而自統陸師出浙江；鏞回言海上船不滿百、兵不滿萬，精忠輕之。經遣協理柯平至福州報命，精忠謾應曰：『世藩來甚善，各分地自戰可也』。臺灣侍衛馮錫範、鎮將劉國軒率舟師數十、兵數千至廈門。精忠調諸路兵出關，以黃梧為平和公。梧病疽，受印不數日，疽潰而死；子芳度遣黃翼帶兵千餘人，從精忠兵出關。海澄總兵趙得勝與錫範密約，以海澄降。精忠召泉州提督王進功至省，以張學堯鎮泉州、花尚蘭守同安。錫範等至同安，尚蘭迎降，獲學堯家口。學堯聞變趨回，俱降於經（海上見聞錄）。
鄭經至思明州，以趙得勝為左都督，封興明伯張學堯為左先鋒鎮、花尚蘭為仁武鎮。遣人於精忠借漳、泉二府，並議撥船；精忠不許，又禁買船料貨物。耿、鄭交惡，精忠遣王進率部卒千人入泉州。進原為漳州副將，時提標五營不應調。王進至，與城守賴玉相結，以提標守備戴國用為爪牙，勒令王進功家眷入省。進功子藩錫與楊青等以藩錫母命召諸將議事，賴玉、戴國用、李尚文至，執之，率兵攻王進。進走登塗門樓，意氣自若。提標兵無統帥，相持竟日。進恐海船至，更深整隊出城而去。六月三日，範錫至，殺賴玉，分其屍。四日，絞殺戴國用，釋李尚文，迎經入城。經以範錫為指揮使，暫理提督軍務。遣人諭黃芳度降，封德化公、授前提督，漳屬錢糧聽其徵給。芳度終不自安，差人間道齎密疏入京。潮州總鎮劉進忠降於精忠，密請漳浦鎮劉炎率兵會之；夜攻同城，續順公沈瑞並其兵（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
七月，以郎廷佐為福建總督，以楊熙為福建巡撫（東華錄）。
尚可喜遣兵圍劉進忠於潮州，精忠不能援，因求救於經；經遣援剿後鎮金漢忠率舟師援之。以進忠為右都督，封定虜伯（海上見聞錄）。
八月，黃芳度間道齎奏，言父梧於三月病故，不得已權送敕命於精忠，仍密行招募，合舊兵共得六千餘名。六月初四日，斬偽城守都督劉豹等三人，保守漳州。惟望大兵入閩救應，隨往迎接。得旨：大兵由浙江、江西、廣東三路進閩，黃芳度偵何處先到，即來迎會。尋芳度兄一等侍衛芳世乞隨大兵進剿，救援伊弟；因授芳世為隨征福建總兵官，進勦福建（東華錄）。
九月，精忠遣王進以步騎三萬攻泉州，並命漳浦降總兵劉炎與進為犄角。進至惠安，肆行焚掠；經命劉國軒統營兵禦之。王進退屯楓亭，列營二十餘里。十月，國軒至塗嶺，嚴陣會戰。進見前陣皆新募之兵，直前擊之，新募兵殊死戰。國軒令許耀分兵襲其營，進大敗。國軒追至興化城外而還，劉炎以兵會上。經檄黃芳度擊走其兵。精忠復遣徐鴻弼會雲霄鎮劉成龍兵入漳浦。經以馮錫範、趙得勝督諸軍迎戰於羅山。右虎衛何祐揮軍擊之，鴻弼等敗回漳浦城。錫範以衝天砲擊入城，炎大懼，同鴻弼、成龍等出降（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
十二月，金漢忠一軍殲於潮州。鄭經遣趙得勝督軍援之，與尚可喜兵戰於黃花岡，廣兵敗走，潮圍解。
經設六官：洪磊為吏官、楊英為戶官、鄭斌為禮官、柯平為刑官、楊賢為工官，兵官缺。置六科都事、察言司、承宣司、賓客司等。陳永華為總制，留守，兼管勇衛；馮錫範為侍衛；二衛皆親軍。薛進忠為左武衛、劉國軒為右武衛、何祐為右虎衛、施福為五軍，其左右先鋒及諸鎮營皆聽五提督調遣。凡文武事宜，皆參軍陳繩武、侍衛馮錫範主之。經之來思明州也，兵餉取給於東寧。洪磊承其父遺命，助餉銀十萬兩。至是兵眾餉多，乃以六官督比紳士富民以充之。以鄭省英為宣慰使，督理各府縣錢糧。百姓年十六以上、六十以下，每人月納銀五分，曰「毛丁」；船計丈尺納稅，名曰「樑頭」。及設各府鹽引，分管鹽場，以給兵食（海上見聞錄）。
黃芳度奏：臣練勁卒滿萬，堅守漳城及龍溪五縣。耿逆潛師援漳浦，臣分兵邀擊，賊眾大潰。鄭經復遣偽侍衛趙得勝來攻漳浦。乞發大兵，不拘何路進閩，與臣會合。得旨：尚可喜即發兵應援黃芳度，康親王傑書、將軍希爾根由浙江、江西作速進剿福建。大兵一到，移知黃芳度速赴會合（東華錄）。
十四年（永曆二十九年、一六七五）正月（三藩紀事本末作十三年事），耿精忠遣張文韜至泉州鄭經處賀正議和，送船五隻。經遣鄭斌報使，約以楓亭為界，始通好（海上見聞錄）。
二月，永春馮眺峰寨民呂華不服徵派，鄭將薛進忠圍之，三月不下。知縣鄭時英諭之出降，釘殺之，家族發淡水充軍。續順公沈瑞駐驍平，廣兵來援，何祐遇於百子橋，破走廣兵，瑞出降，封懷安公（海上見聞錄）。
五月，鄭經至海澄，遣鄭斌入漳慰諭芳度。東兵入見，芳度不受命，密調回黃翼出關兵。精忠移檄召之，亦以疾辭（海上見聞錄）。
六月，經自海澄移檄萬松關。芳度令其下俱剃髮據守，遣其兄芳泰入粵請援，自與諸將守四門。經進攻不利，援剿後鎮萬宏登梯中砲死，乃築屯圍之。調何祐從潮州先攻平和縣，守將賴陞降，諸屬皆下（海上見聞錄）。
十月，海澄標將吳淑以漳州降鄭氏。初，淑歸清，屬海澄公標，黃梧待之厚。梧將死，呼淑託曰：『吾兒年少，君可保全之』。及城被困日，淑謂其弟潛曰：『我本海上舊將，公雖待我厚，我負罪於先藩實深。今世藩待我眷族尤有加，豈可反圖逆命』？遂以十月六日開城，芳度倉皇投開元寺東井而死（三藩紀事本末作十三年事）。經兵入，獲其將黃翼等斬之；沒其家，剖黃梧棺戮屍斬首，及芳度首揭以徇眾。有議發梧祖塚者，經曰：『罪止其身，於先世何與』？不許。芳泰會其兄芳世，由州汀至永定，聞漳州降，大掠而遁。經以吳淑為後提督，出江右（海上見聞錄、逆臣傳、皇朝年表）。
十五年（永曆三十年、一六七六）五月，精忠汀州守將劉應麟以州款於鄭經。經使吳淑入據之，以應麟為奉明伯，始叛盟也（三藩紀事本末）。
七月，以郎廷相為福建總督（由原任河南巡撫遷）。
九月，福建總督范承謨陷賊三年，耿精忠多方偪誘，誓死不屈。至是，與稽永仁等並遇害（海上見聞錄、東華錄）。
清師入閩，興化守將馬成龍以城降鄭經。經令許耀率兵赴之，旋令督諸軍進取福州，駐師烏龍江。耀沈湎酒色，不在軍事，諸將不服。清兵渡江，或議於半渡擊之，不聽。既登岸，倉皇出戰，敗回。經乃遣趙得勝、何祐代之，屯興化以禦清兵（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
十月，康親王傑書師抵延平，耿繼美等以城降。精忠聞之，大懼，隨遣精奇尼哈番劉蘊祥等赴延平獻偽總統將軍印，續遣子耿顯祚同前賫敕被留之周襄緒、陳嘉猷迎大軍。傑書抵福州府，十月朔日，令侍讀學士尹泰齎免死敕諭前往。初八日，康親王同將軍賫塔督兵敗賊於大溪灘下江山縣，遂克仙霞關，攻拔浦城縣。是時，鄭經擾興化及福州。精忠與其黨武灝、沈偉、郭景汾、羅萬里等搜括福寧、建寧、延平財利以餌眾將，不繼，偽鎮李朝政駐連江縣，盡勒客戶民居為兵，又屢為大兵挫衄，勢益窮蹙。康親王自建陽移書精忠招降。精忠得書，猶豫未決；答書言『自願歸誠，恐部眾不從，致滋變患；望奏賜明詔，許赦罪立功，以慰眾心，乃可率屬降』。時諸將已密謀投誠，精忠欲乘船奔海，為都尉徐文耀所脅，不得出城。至是，於初四日剃髮，率文武官員出城迎降，獻所屬官兵冊藉。尋精忠請隨大兵立功贖罪，傑書以聞（皇朝武功紀盛、海上見聞錄、東華錄、逆臣傳、連江志）。
上命耿精忠仍留靖南王爵，率伊所屬官兵隨大兵征剿海寇，圖功贖罪。原任巡撫劉秉政等俱著來京，其藩下官員及兩鎮下武弁仍留原任。兵丁照額設外，其餘願效力者分隸提鎮各標，願歸農者原籍安插（東華錄）。
十一月，精忠邵武偽守將楊德以州款於經，經以德為後勁鎮，吳淑入據之。當是時，經悉有泉、潮、漳、詔、惠、汀、興、邵八郡之地（三藩紀事本末）。
十二月，清兵至邵武，淑禦之；大雪嚴寒，諸軍涉溪，皆凍不能走，遂棄邵武，屯汀州。汀州前納款於經，守汀薛進思驚懼失措；汀州鎮劉應麟願傾資助餉固守，進思不從，棄城而走。應麟奔潮州依劉進忠，病死；淑奔還島中（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
康親王傑書奏：耿繼善前聞大兵將至，即棄邵武府遁往江西；海寇吳淑乘勢取邵武城，復犯延平。伊弟吳潛率兵渡河屯浦塘迎敵，副都統伯穆赫林等率滿漢官兵屢次擊敗之，陣斬偽總兵楊大任等，殺賊兵萬餘，生擒偽總兵阮信等三百四十餘人，所獲軍器無算。偽武定將軍彭世勳以邵武府降。又奏：耿精忠藩下編作佐領兵丁外，又有左右兩鎮兵。今福建經制及撫標兵俱照原額全設。精忠見率伊佐領下兵隨大兵征剿海寇，未為不足；當節省餉銀之際，其兩鎮官兵應請裁革。又藩下總兵官曾養性及原任溫州總兵官祖宏勳俱自溫州率兵至福州，祖宏勳應照劉秉政例赴京候補。得旨：俱如所奏（以上東華錄）。
——錄自福建通紀卷十二。
十六年（永曆三十一年、一六七七）正月，鄭經兵自館頭踰嶺，夜掠水南，焚民居數十家；守備鄭興卻之（連江志）。
康親王傑書奏：副都統伯穆赫林等追剿海寇，恢復泰寧、建寧、寧化、長汀、清流、歸化、連城七縣及汀州府城，招降偽官七十三員、兵丁二千五百餘名（東華錄）。
清寧海將軍喇哈達、平南將軍賴塔等兵至興化。時鄭經諸軍銳氣已喪，何祐又與趙得勝不睦，疑其貳於清，得勝指天自誓，祐不之信，登臺以望趙師。師潰，得勝抽蕞注射，應弦皆倒。既見祐軍之不動也，嘆曰：『吾不幸與若輩同事，死固宜也』。下據胡床，挽強殺數十人以死。祐蓬髮奔泉州，興化遂陷（海上見聞錄、三藩紀事本末、小腆紀年）。
二月，諭戶部：閩地經海寇擾害，又遭逆賊暴徵橫斂，民困已極；今年錢糧盡與蠲免。其遭亂竄避人民，俱招徠還籍，各安本業。
康親王傑書奏：副都統伯穆赫林等恢復上杭、武平、永定等縣，招降偽總兵尹雲龍、曾顯洪、張威等（以上東華錄）。
康親王遣知府張仲舉復與鄭經申前議，經不從（三藩紀事本末）。
清兵至泉州，守將林定無備；城破，標將林孟、參宿營謝貴死之。定走免，諸軍潰散。十九日，清兵至漳州。經倉皇登舟至華港，棄而不守；至廈門，欲回東寧，百姓號泣攀留。角宿營吳桂整兵防守，眾賴以安。繼而餘眾稍集，乃遣水師分汛而守。祭趙得勝，親臨哭之。斬薛進思（原姓名裴德）、許耀（東華錄許耀已陣斬），綑責何祐、吳淑戴罪自效。諸將家眷搬回東寧。王進功、沈瑞、張學堯等陸續起程。一時七府俱潰。經既崩剝，不知所為，國事盡委之劉國軒（海上見聞錄、小腆紀年）。
三月，康親王傑書奏：鄭經大敗於興化、泉州，遂棄漳州、海澄而遁。海澄偽副將孫紹芳、漳州偽知府程夢蘭等相繼納款，寧海將軍喇哈達等於二月二十日抵漳州，遂復府城及海澄等十縣，閩地悉平（東華錄）。
漳浦巫者朱寅，挾左道，詭稱三太子；聚集海上殘兵，率二百餘人於十九夜襲泉州，攀堞而入，鳴鼓揚旗，從開元寺前至西街。守兵以為海兵復至，乃於雙門前發一大砲。寅入城而去，人以為神，附者日眾，蔓延於漳、泉屬縣。凡深山窮谷巖寨，無所不到，派糧以食。頭裹白布，時謂之白頭賊（海上見聞錄）。
福建既定，康親王傑書奏：以將軍喇哈達、都統賴塔統兵同耿精忠進取潮州（逆臣傳）。
汀、漳、興、泉、邵武諸郡，以次收復。劉進忠、苗之秀以潮州碣石來歸。於是海上稍靖。耿精忠奏：請入京服罪（皇朝武功紀盛）。
四月，耿精忠奏：遣子顯祚入侍。命列散秩大臣（逆臣傳、東華錄作十月事）。
五月，令黃芳世仍襲海澄公、鎮守福建水師提督總兵官，愈加訓練，以靖海氛（東華錄）。
六月，尚之信歸清。劉國軒在惠州，鄭經遣水師迎之，乃率所部航海而歸（海上見聞錄）。
九月，康親王令將軍賴塔偕精忠所屬都統馬九玉率將士守潮州，撤精忠還福州；詔止之（海上見聞錄）。
福建總督郎廷相奏：鄭經監軍侍郎陳愈侯攜帶家口人丁自海上投誠。又奏：長泰縣天柱山最為險要，山海寇賊多聚於此；臣調兵搜剿，同原海澄公標總兵魏茂等殺賊三百餘名，生擒偽提督中軍副將孫公等。其偽總督林鳳等俱帶重傷逃遁，天柱山已經蕩平。又進剿東■〈土彔〉、塔潭等處，擊殺偽將軍吳田，賊將遠遁。又奏總兵黃藍敗海賊於小盈，提督段應舉等擒偽將軍李復貴、偽軍師林日向等（以上東華錄）。
十月，鄭經遣何祐等至南靖小溪收兵，吳淑等至長泰築天成寨以遙應之（海上見聞錄）。
福建巡撫楊熙奏：朱統錩以前明宗室名號糾集黨羽，盤踞山谷；臣巳招撫偽總兵陳龍等，隨遣按察使吳興祚星赴光澤，率兵剿撫。吳興祚設計遣投誠總兵蔡淑佯回賊營，以作內應；蔡淑隨差人密報，投誠總兵陳龍復首先率眾斬關奪路，官兵分道斫寨，剿殺偽弁兵丁四千五百餘各，獲朱統錩子朱義潛、姪朱義質。偽總兵馮珩等勢窮計迫，執朱統錩並銀印一顆，兵丁三千餘名。又逆賊許志遠恃朱統錩犄角之勢，屢抗我師；今朱統錩被擒，聞風膽落，率眾投誠，計偽官一百有八員、兵九千一百餘名。
康親王傑書奏：漳州龍溪縣班山、南安縣五都、同安縣三保谿等處，賊匪立營結寨，盤踞山谷，騷擾百姓，為害已久。臣遣前鋒參領都克納、侯馬三奇、副將馮兆京、副都統紀爾他布等分率官兵，於班山等處進剿。賊眾屢次擊敗，並招撫偽副將黃邦漢等。又奏：續順公沈瑞為海寇執往臺灣，其官兵家口散處無依，應令會集一處。上命彙駐潮州，以副都統張夢吉、宋文科統之。
福建總督郎廷相奏：朱寅勾連海寇，橫肆鴟張。臣遣海澄總兵官黃藍等會同滿洲官兵三路進剿。至灌口、楊坑地方，大敗賊眾，連奪賊營七所，陣斬一千餘名，生擒偽左營將謝良、楊德六十餘員，餘孽逃遁。
十一月，耿精忠藩下參領徐鴻弼（一作朝弼）、佐領劉延應、護衛呂應賜、典儀陳良棟、護軍蘇雲會等具狀遣人赴部，首精忠歸順後尚蓄逆謀凡五款：一、違康親王令，不悉舉出奸黨。一、仍遣王進功潛結海寇，通音問。一、與劉進忠執手耳語，謂乞降非所願。一、密令腹心藏黑鉛藥於王星家，約俟異日收用。一、遣散舊兵歸農，令勿攜兵器、勿留供大軍；又將降前三日，殺范承謨以滅口；又遣王子玉至吳三桂處乞援。部臣以狀聞，昭忠在福州同參贊大臣介山、吳弩春亦以鴻弼首詞具疏入告。疏留中（逆臣傳、皇朝武功紀盛）。
康親王傑書等奏：夸蘭大、杜巴等率大兵敗賊朱寅等於泉州關口，總兵官侯馬三奇等敗賊於和平橋、草蒲港地方，副都統伯穆赫林敗賊於石井、清寺等處，遂恢復之。
福建總督郎廷相奏：署遊擊韓六合敗賊吳萬勝於崇安縣界，殺賊二千九百餘級。
十二月，康親王傑書奏：海寇圍泉州府屬小營地方，副都督楊鳳翔、提督段應舉領兵往援，擊敗賊眾，生擒總兵黃忠等，水陸共殺賊三千餘人（以上東華錄）。
清兵圍吳淑於天成寨，朱寅率眾來援，吳淑突圍而出。
康親王遣漳、泉二府知府同泉紳黃志美等照朝鮮例議撫，海上不從，亦無報使（海上見聞錄）。
十七年（永曆三十二年、一六七八）二月，福建總督郎廷相奏：海寇水師偽總督林英等犯泉州界，提督段應舉遣標下參將朱起龍等大敗之於日湖等處，生擒偽總兵林耀、偽副將黃宏等（東華錄）。
鄭經以劉國軒為中提督，總督諸軍；吳淑、何祐為副。十日，至海澄，攻玉川（一作洲），守將劉宗降；三汊河、福河、下滸等堡皆下。十八日，進取江東橋，守將王重祿、呂韜等奔潰，遂燒斷橋梁，分擊漳州。援兵三戰三捷，軍聲大振。二十三夜，取石碼，遂入鎮，取灣腰樹、馬州、丹州諸堡，軍於祖山頭，以逼海澄。副都統孟安等自潮來援，國軒退屯石瑪，築垣據守，仍分兵屯漳州。時總督郎廷相、海澄公黃芳世、都統胡圖、穆赫林按兵漳上，提督段應舉自泉州來，寧將海軍喇哈達自福州來，平南將軍賴塔自潮州來，其餘副將朱志麟、姚公子、李阿哥等先後來援；芳世、穆赫林敗於灣腰樹，胡圖敗於鎮北山，應舉敗於祖山頭。國軒兵僅數千，倏水倏陸，飄忽馳突，滿漢疲於奔命。國軒遂取平和、漳平，圍海澄（海上見聞錄、三藩紀事本末、小腆紀年）。
三月一日，國軒列陣赤嶺，清兵背城迎戰，前虎衛林陛一軍當其鋒。朱寅按兵天寶山，以牽漳州之兵；黃芳世擊敗之，寅遁入長泰（後下海，封為蕩虜將軍，改名蔡義明，歲餘病死）。國軒樹柵雙橋一帶，離漳數里。滿漢諸將會議，以一股同黃芳世札水頭灣腰樹、一股扎鎮安門，安砲以斷其往來水路。國軒偵知，十一日黎明焚營撤兵。漳州兵意其遁也；少頃，舉帆直抵水頭，登岸陟嶺進戰。芳世素不知兵，又與諸將不協；吳淑攻之，芳世戰敗墜馬，遇救得免，走入漳城，病月餘死。自水頭之敗，海澄道阻，段應舉會綠旗兵及滿洲兵數萬，列營祖山頭。十八日下午，國軒兵至，應舉揮兵迎敵；何祐、吳淑等繞出祖山之背，國軒督勁卒登山衝滿洲營，滿兵大潰。國軒又以兵截漳州大路，滿漢兵棄輜重，自相殘踏，奔入海澄。國軒夜令軍士鑿塹，一人一丈，引江水環城外；又鑿溝數里，兩岸安銃守之。由是，內外隔絕（海上見聞錄）。
福建水師提督黃芳世奏：海寇集其夥數萬，負嵎石碼城。於三月初六日，偽提督吳淑等率眾二萬有餘上岸，副都統孟安等同臣標副將楊壯猷等率兵極力追剿，擊沈賊船，賊眾敗退。
案此奏，飾大敗為小勝。
閏三月，蔡寅擁眾萬餘，突犯安溪。知縣李鈺同駐防千總王國棟等率兵役丁壯親身督戰，賊遁去，仍在山立木城踞守。署泉州城守營參將寧惟國，署提標後營遊擊王旭等各帶兵，及該道府廳調撥民兵，並在籍侍讀學士李光地募發丁壯，令弟姪等統領，並力進剿，殺敗賊眾，燒毀賊營，保全縣城。
案犯安溪，東華錄既見於去年十月，又見於此；但據李光地年譜、傳誌等列在本年，今削彼存此。
四月，漳州安塘報：副都統穆赫林、海澄公黃芳世等師次灣腰樹，與蔡寅（即朱寅）戰失利，平和失陷，賊偪潮州立營。得旨：康親王兵既分援諸路、蒙古兵復撤回閩中，兵力似單；今浙江平靖，可於杭、臺、衢三府滿洲、蒙古、漢軍兵內選六百名，令副都統雅塔理率赴福建。到日，聽康親王調遣。並檄將軍喇哈達、賴塔、靖南王耿精忠等交相計議，剿滅漳、潮間賊寇。
黃芳世奏：閩省變亂時，臣叔黃梧、弟芳度所部官兵，並已離散。臣抵漳之後，頗復收集，請減兵額為三千，付臣弟黃芳泰統轄。
總督郎廷相奏：海寇勢焰日盛，勾連山賊，互相應援。臣標兵止二千五百，所在告警，不能分應；請增臣標兵二千五百，設立五營。今韓大任投誠之兵見給糧餉，即以此兵補入臣標，可不煩別糜糧餉。得旨：悉如所請；但韓大任之兵新經招撫，不宜聚處一軍。大將軍康親王及參贊大臣將軍耿昭忠及該督撫提等詳議，將撫提標舊兵與新附之兵相參配合，以足兵額。統轄官員，該督選擇題補。
康親王傑書奏：奏副都統胡圖、海澄公黃芳世等於閏三月初十、十一日連破漳州海賊，陣斬偽提督總兵等，焚毀賊營，獲偽印劄、船隻、器械無算。
漳州安塘筆帖式報：海寇環圍海澄，我兵失利於灣腰樹，賊勢益張。聞海澄城中糧已匱乏，賊復日犯漳州。
總督郎廷相奏：海賊猖獗，閩省兵單，請調江南、浙江、廣東三省滿漢官兵赴援漳、泉，又請調三省水師戰艦，並於福建召募水卒，規取廈門。
五月，康親王傑書奏：海澄危急，巳檄駐守廣東潮州將軍賴塔率所部兵之半及綠旗兵赴援（以上東華錄）。
逮總督郎廷相，以布政使姚啟聖代之；巡撫楊熙致仕，以按察使吳興祚代之。江南提督楊捷代段應舉為全省水陸提督（海上見聞錄以為四月事，三藩紀事本末以為六月事）。援兵四集，屯筆架山，以救海澄。國軒以筆架山南小寨懸崖，狀如掛燈（俗呼燈火寨），下臨大溪，順流可通海澄，問誰可扼守？吳淑請往；乘夜進寨，天明寨柵完備。是月十日酉時，滿營發砲攻擊，連夜不絕；淑令軍士穴地藏身，無死傷者。馳報國軒，以為乘夜發砲，意不在寨，當別防之。滿漢兵已至祖山、岳嶺，破林彪、張鳳二營，鳳戰死，進攻林陛營；國軒援兵至。姚啟聖之子姚義統韓大任兵以牛載土囊填溝，至第三重，國軒發火砲擊之之滿溪兵多填於塹，遂退（海上見聞錄、平閩紀、小腆紀年、東華錄）。
六月朔諭：康親王傑書用兵甚為巽愞，自至浙江，安居無事，及屢降嚴旨督趣，始破衢州之賊，進定福建。福建既平，不事豫防固守，俾海寇登岸，遂困海澄。傑書罷庸，怠忽軍紀，宜並參贊大臣嚴行處分。但現在出征破賊，俟師還察議（東華錄）。
福建提督楊捷以閩疆剿撫需才，奏請將江南遊擊王嘉會、劉起龍、守備何濱、李英、張瑞、楊懋紱調閩補用（平閩紀）。
十日，劉國軒攻入海澄。段應舉、黃藍、穆赫林，希佛死之，獲孟安、馬虎等滿漢官三餘員，皆釋之，授官給俸。滿兵千餘，遷之東寧。海澄城中滿甲二千、馬八十餘匹、綠旗兵守城兵計二萬餘，圍八十三日，糧盡殺馬而食，馬盡，屑馬骨食之，死亡及泅水而出者過半。閩省震恐，諸援兵退守漳郡。國軒議乘虛取泉州，令吳淑分兵下長泰縣。國軒進兵，陷至同安。都統（一作梅勒）雅塔里走回泉州城守，何祐與江欽、楊德等十餘騎至泉州，循清源山相視營地，城中兵不敢出。久之，隊伍始至，札空營於平地。城中兵終不敢出（海上見聞錄）。
七月，國軒水陸並進。江欽攻南安，殺守將。諸縣守兵相繼棄城走，遂進占泉州南門橋，載龍熕及大銃數十攻南門，城崩壞四十餘丈，盡為平地。城內再築短牆以守。城守馬勝等以釘裝船板，鋪於地上；兵入，無踔足處，損傷甚多。會天大雨，城竟不拔。圍泉兩月（同上）。
康親王傑書奏：賊圍泉州，副都統紀爾他布、提督石調聲退至興化，惠安復陷。臣隨檄將軍賴塔、總督姚啟聖守漳州，調將軍喇哈達速率兵來援泉州（東華錄）。
姚啟聖奏：平和失陷，臣會商海澄公黃芳泰遣參將呂孝德等進剿，大敗海寇，復平和縣（同上）。
八月，楊捷密奏言：福建舊制，原有專設水師提督，後因海面無警，鄭氏竄伏臺灣，故爾裁去。今則海寇見駐廈門，於漳、泉等處水陸交犯，狂逞之勢十倍於昔。自應循照舊制，特設專員，令其統轄沿海兵將，調度水戰；俾臣得以盡力陸路，一心剿禦（平閩紀）。
諭：提督楊捷可專轄陸路兵，水師提督別行補授。楊捷又奏：臣向在山東，深悉山東、河南兵熟習交槍、鳥槍者甚多，乞各發千人；江南兵有熟習弓箭火砲者，亦發千人赴閩。從之（東華錄）。
鄭氏屯船定海，欲俟陸兵南下，為尾後之策；閩安副將田萬侯同總兵林賢、黃鎬、林子威等調集各路兵船往剿，於八月二十七日在赤澳、黃崎以及官塘等處三路奮擊。經水師總鎮蕭琛議以舟寡且小，欲據上流牽制之；水師章元鎮欲先發制人，率所部十舟進戰，眾寡不敵，阻風逆流，一軍盡沒。章元鎮被虜入福州，殺之。蕭琛退泊海壇，經召回，斬以徇，令援剿左鎮陳諒、後鎮陳起明督朱天貴（精忠將以舟師降）等防禦北船（平閩紀、海上見聞錄）。
鄭氏兵焚掠五里渡及港頭、起步一帶居民（羅源志）。
國軒既乘勝下漳平、長泰、同安，略取南安、惠安、安溪、永春、德化諸邑（逆臣傳以下諸邑為春間事），乃自圍漳、遣兵圍泉，而斷漳之江東橋及泉之萬安橋以拒王師。
康親王駐軍福州，不敢進。已而楊捷出興化，復惠安；吳興祚由仙遊出永春，與賴塔復漳平。捷遣兵襲破陳山壩，以出萬安橋之背，奪其橋。而賴塔軍之阻江漲者，亦得在籍學士李光地為鄉道，由安溪間道出同安。捷會同參贊大臣禪布、福寧總兵黃大來、浙江提督石調聲直抵泉州城，圍遂解。國軒乃率二十八鎮還漳州，築十九寨，吳淑、何祐亦帥十一鎮軍於溪西。九月，國軒入江東橋至長泰，以二十一鎮兵與滿兵戰於龍虎山。精忠為右拒、賴塔為左拒，胡圖在前戰小卻，姚啟聖援之亦不利。精忠故仇鄭，親督戰，立斬退者三人，大呼而入。將軍馬某繼之，陣斬鄭英、吳正璽等，破營十六座，斬首四千、捕虜千二百人，亡溺以萬數。國軒中砲掀墜地，有滿洲披甲前蒙國軒放回，遇之，以騎授之，始走免。於是賴塔復長泰、姚儀復同安，南安亦不守，國軒泅河遁入海澄。海澄三面環海，其陸地一面復掘濠引潮，以阻清軍。時出犯江東橋，列營觀音山，與滿漢兵軍壘相望（三藩紀事本末、平閩紀、海上見聞錄、小腆紀年）。
吳興祚奏：官兵敗於白鴿嶺，復永春、德化等縣（東華錄）。
初，鄭氏將章元鎮等攻掠幕浦堡，遊擊侯大經以兵趨救，馬傷而蹶，寇將及之，千總劉某揮大刀前進，殺二人，獲一人以歸，侯乃免。寇盡俘男女於廈門索贖。有皮七者，前嘗投誠，寓幕浦，與大戶習。嘗以二舟載堡民往來議贖，不取其直；貧而不能贖者，則貸而助之。諸大戶亦皆賴以脫，擄者前後多歸。至是，陳君翼率舟師破鄭氏兵於定海，獲元鎮，復奪回前掠者數十人（連江志）。
鄭氏將王一鵬率眾嘯聚於驛坂餔地方，欲阻絕要路。提督楊捷與巡撫吳興祚定議，密遣連江營守備鄭興隨征。總兵張韜率兵細探，果聚於上西、蕭厝、沙格三處，乘夜進剿。官兵鏖戰竟日，殺死七百有餘、生擒六人，溺水者不計（平閩紀）。
十月，姚啟聖遣人議撫，意欲得海澄；經不從（海上見聞錄）。
十一月，京口將軍王之鼎仍以將軍調補福建水師提督，楊捷仍以原銜管福建陸路提督事務（平閩紀）。
十二月，康親王傑書奏：都統賴塔等率領滿漢官兵於十月二十七日敗賊於柯鏗山、萬松關，副都統紀爾他布、總督姚啟聖、提督楊捷等敗劉國軒於江東橋，又敗之於潮溝之間，副都統胡圖敗賊吳淑於石衛寨，斬獲無算（東華錄）。
予福建殉難南安縣知縣宋煜官蔭（同上）。
復遷沿海居民於內地。耿精忠之變，閩省遷民悉復故土。康親王疏請遷界以累民，罷之。至是，督撫再請遷（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
十八年（永曆三十三年、一六七九）正月，康親王傑書奏：劉國軒等率賊兵八千至郭塘、歐溪頭地方立營，欲斷江東橋，以犯長泰。都統賴塔與總督姚啟聖、提督楊捷等統兵直偪賊營，令副都統紀爾他布、巡撫吳興祚等領兵擊之，大敗劉國軒、吳淑、何祐等，追至江邊，斬首二千餘級（東華錄）。
鄭經以朱天貴守海壇；以陳諒為水師，乘南風迅發，復犯定海。官軍集船百餘，由由五虎門而出；大風暴起，官軍收回五虎。鄭氏船仍退海壇（福州府志）。
耿精忠既降，而鄭氏方踞臺灣、澎湖。浙江總督李之芳疏請操練戰船及福建水師會剿海洋諸寇；又疏請改復楓嶺營、浙閩分轄舊制（蠶尾續文集）。
思明州每月每戶本輸米一斗，自二月起，每戶再加一斗。劉國軒請停文武俸以給兵餉（海上見聞錄）。
二月，鄭經兵猶據廈門、金門，上欲乘勝厚集舟師，規取二島，以圖澎湖、臺灣。又以曩時征取金、廈，曾用荷蘭國夾板船；特諭荷蘭國王，令具夾板船二十艘，載勁兵協力攻取二島。至是，康親王傑書等議奏：戰艦水師未備，荷蘭國舟師又不能預定來會時日，勢難急圖。上斥之（東華錄）。
康親王傑書等奏：據總督姚啟聖等啟，進取金、廈須發江、浙巨艦二百艘，增閩省兵二萬，迅調荷蘭舟師來會，方可大舉。進剿之期，必俟入秋北風起後。從之（同上）。
劉國軒、吳淑、何鑽等復用船四十餘隻帶眾渡河，圖攻榴山寨，並欲奪江東橋。提督楊捷會同平南將軍賴塔等率兵分兩翼壓陳督戰，官兵衝至下坑山、歐溪頭各山上，鄭氏從山下遯走。官兵緊追，陣斬一千有餘，獲盔甲、旗幟等甚多（平閩紀）。
三月，楊捷奏：會同平南將軍賴塔等於下坑山等處擊敗逆賊，擒斬甚多（東華錄）。
康親王傑書等奏：已將徵調舟師敕諭，令荷蘭國人齎往；因趕塘、石碑洋諸地為海寇所阻，不得行，故未達而還。上諭詰責（東華錄）。
總督姚啟聖奏：偽總兵廖琠、黃靖等眾據水晶坪，聯絡山海寇賊，為害地方。臣遣官招撫廖下崗工人琠等率偽官三百餘員、兵一萬二千餘人，詣軍前降（同上）。
國軒偵知姚啟聖欲據果堂寨以迫江東橋，即同吳淑發兵入據其寨；漳兵至，擊走之（海上見聞錄）。
四月，陳永華啟請以經子克■〈臧上土下〉為監國；時年十六，號曰監國世孫（同上）。
湖廣岳州水師總兵官萬正色奏閩海情形、水陸戰守機宜。上諭：萬正色剿寇洞庭，著有勞績，今岳州、長沙諸處悉已恢復，無煩水師；且萬正色閩人，稔知水性。茲剿海寇之際，從優加太子少保，調為福建水師總兵官，率所部官兵剋期速赴閩中。旋以萬正色為福建水師提督，統轄全閩水師營務。
總督姚啟聖奏：偽總兵鄭奇烈率偽官五十三員、兵丁千餘投誠。
雙頭洞系浙、閩交界，賊首陳超萬等嘯聚。總督姚啟聖會同提督楊捷、撫臣吳興祚於五月初九日至流江地方，水陸夾擊，大敗賊眾，殺傷無數，獲其船隻器械。
五月，康親王傑書奏：偽總統劉國軒等侵犯江東橋，平南將軍賴塔等統官兵迎擊，賊敗走太平寨。
初，湖南用兵，令江南造鳥船百艘送岳州軍前。至是，岳州既復，上諭萬正色赴閩時即領在岳鳥船並水手以行；至江南、浙江，更選戰艦百艘攜往，以資進剿（以上東華錄）。
六月，鄭氏將楊忠等會合深滬，圖窺犯；遊擊劉國興率各營三路夾擊，敗之。楊忠被箭落水，擒其副將楊德，陣斬一千餘名，焚燬大小船七隻；斬其官四員，生擒一十八員（平閩紀）。
鄭時英駐東石督餉。時禁界鹽貴，居人多私來東石販鹽；時英獻策，欲掘沿海鹽埕，則利盡歸於我。經乃檄林陞、令楊忠往潯尾掘南北鹽埋。忠至，舍舟登岸，連掘兩日夜。竿頭守將密請泉城大隊兵至，四面合攻，忠力戰不支，歿於海，餘死傷逃亡過半。界禁既嚴，私販亦絕（海上見聞錄）。
七月，國軒築潯尾寨，一夜而成；同安兵至，擊走之（同上）。
八月，福建總督姚啟聖奏：鄭經志必不降，斷不可遣人招撫。劉國軒乃賊中巨帥，頗能用兵，請赦其前罪，授以公爵。吳淑本無反志，由部將迫脅，請赦其前罪，授以侯爵。至偽總兵陳昌、林陞、江欽、吳潛均請畀以總兵官，實授管事。此數人若解體投誠，則鄭經勢孤，海寇根株立可芟滅（東華錄）。
福建巡撫吳興祚奏：招撫偽總兵蔡沖琱等三員、偽官八十五員、兵丁一萬二千五百一十七名，招回島民三千一百九十餘名。共獲大小船六十隻，分撥水師營用（同上）。
九月，泉州馬步數千攻東石。時施廷、陳申守東石，散卒祗三百餘人。施廷被創，陳申戰死，兵民赴海死者無數。泉州兵仍築三寨，犄角以守（海上見聞錄）。
江南賊呂貴、蘇亮等率夥三千餘眾，驟犯崇安汛，據險結巢，與鄭氏遙為聲援。遊擊李英會同各營官兵暨崇安縣知縣金章鼓勵鄉壯，直下新嶺，攻破賊寨木城二十六座，斬偽將謝瓚郎等五員、殺賊八百餘人、生擒二十六名，搜獲器械無算（平閩紀）。
十月，諭康親王傑書曰：海寇竊踞海澄，倚廈門、金門為營窟，騎兵無所用其力；惟藉水師樓櫓攻取，甚屬緊要。今因荷蘭國之船未至，故前議不行。近者，福建綠旗兵丁漸增數倍，即無滿兵，止以綠旗兵丁剿滅賊寇，未為不足；見在福建滿兵甚多，應即撤一半以省糧餉。但耿精忠尚在閩中，虞有意外之變；王當開諭精忠，令其陳奏請安，詣京陛見。倘精忠因王之言具奏，可令其自來；若精忠未能即行，王不可獨率滿兵一半先回。此事關係甚為重大，王當詳籌具奏（東華錄）。
國軒離漳州城五里而軍。援漳兵共十餘萬，國軒兵亦有萬餘；營壘咫尺相望，指揮自如，諸軍畏之如虎。國軒以果堂要地，於果堂後版尾地方再築一寨。工未就，援兵數萬齊至，銳不可當。國軒與吳淑、何祐、林陞、江欽兵不滿二千，奮勇死鬥。日午至申，衝擊數疊。國軒戒依寨，且守且戰，斬章京石兒等；其餘帶傷以數千計，始引回。國軒時縱卒渡河衝擊，身登士阜，據胡床，張蓋而觀之。又善用間諜，敵人纖悉必知，時謂之「劉怪子」。姚啟聖遣人至海上議息兵，又說國軒使罷兵就撫，國軒巽詞以謝。啟聖設修來館，懸重賞，海上文武兵將來者俱償銀有差。時諸軍缺糧，國軒一切不禁，頭領與兵下、長髮與短髮，往來循環，國軒兵額亦不缺。十一月，吳淑守版尾寨（三藩紀事本末作蕭井寨），清兵築壘環攻，淑處之晏如。身被傷，復病，時值陰雨，新築垣壘多壞，揮左右避之，自踞床而臥。八日夜二更，牆傾壓死（紀事本末作十月事）。舁至思明州，經親臨哭之，以其子吳天駟為建威左鎮，統其兵。時官軍戰艦皆集，萬正色謀於興祚曰：『子沿海與之上下，吾張水師；以諸將之銳，方船以逼海壇，子攻其陸、吾薄諸水，破之必矣』（海上見聞錄、三藩紀事本末、小腆紀年）。
宣義將軍尚之孝奏：康親王咨稱福建、江西接壤之地，尚有逆賊江機、楊一豹擾害建寧、邵武諸處，令臣速進兵剿滅。臣星夜至汀州，整頓甲兵進剿。
福建總督姚啟聖奏：臣以進攻廈門、金門等島，酌撥兵一萬四千名赴水師提督萬正色軍前；第沿海諸汛地兵力單弱，請召募新兵補額。
福建提督楊捷奏：江西賊首偽都督呂貴等率賊三千餘人犯崇汛，建寧城守遊擊李英破賊於岑陽山，悉殲其眾（以上東華錄）。
十二月，姚啟聖、吳興祚大集舟師攻廈門，題請水師剋期協攻。經以林陞為總督、朱天貴為副，率諸軍禦之（海上見聞錄）。
福建水師提督萬正色奏：新船雖竣，舊船尚在督修，且檄調諸路兵及砲手猶未悉至，臣先以新船配官兵赴定海訓練，俟舟師輳集，水陸夾攻。上諭：江南總督阿席熙速選善用砲者二千人送該提督軍前，福建總督姚啟聖等亦速修整舟艦。萬正色其嚴飭將士，凡大兵所至，務當撫綏被寇之人，毋妄肆淫掠，負朕恤民至意。
又奏：臣標前後已設官兵，尚餘新募水師萬餘，請增置援剿左、右、前、後四鎮，各設總兵等官，即以投誠總兵林賢等補授。下議政王大臣等集議行（以上東華錄）。
十九年（永曆三十四年、一六八○）正月，萬正色率總兵林賢、陳賢、黃鎬、楊嘉瑞督舟師出閩安。鄭經命左武衛林陞督援剿左鎮陳諒、左虎衛江勝、樓船左鎮朱天貴禦之。陞畏官軍之眾也，分船三十號守海壇，自統船六十號泊泉州；天貴爭之不得。二月，萬正色至海壇，海船逆戰。正色分前鋒兵為六隊，直衝而入，親統巨艦繼之；又以輕舟繞出其左右，並力夾攻，砲火齊發，擊沉賊船十六艘，溺水死者三千餘人，餘皆潰遁至泉州。正色至圍頭，朱天貴以七船衝入，所向無前。俄海風大作，正色收各船入泉州港，沿海岸上安砲。朱天貴船無所取水，乃退至金門。經所親幸施福密通姚啟聖，欲為應，使降兵數百人挈眷來歸，乘機舉事。國軒諜知，啟經收殺之，並及施濟（福即施亥）。經議撥國軒兵三千，配小船直入泉港攻萬正色，使人持令箭抽兵。時兵久無糧，遂潰，國軒禁不能止（海上見聞錄、小腆紀年、東華錄）。
初，劉國軒聚屯於獅子山、玉洲灣等處，又聯絡烏嶼橋、充龍堡各處之兵，以壯聲援。提督楊捷親帶馬步精兵於十七、十八兩日攻烏嶼橋等寨，均獲全勝；復前往同安縣所屬高浦所安營，馳回漳州會剿，攻破玉洲、三汊河、石瑪、陳州、馬州、灣腰山、觀音山、展旗等十九寨（平閩紀、東華錄。三藩紀事本末作姚啟聖事）。
鄭經久踞海澄，楊捷會同將軍賴塔等分水陸三路進攻，劉國軒率眾堵禦。官兵一面進攻、一面招降。其總兵蘇侃欲降，陳昌不肯，城內自相併殺。官兵二十四日乘勢攻門，蘇侃接引入城，率其兵二千一百餘名投誠，生擒其總兵楊吉等一十一員名。國軒與陳昌等收拾餘眾下海（平閩紀、海上見聞錄）。
二十六日，島中兵變擄掠。經焚演武亭，盡率諸將登舟。二十九日至澎湖，協理五軍吳桂聚散卒據廈門，以待清兵（海上見聞錄）。
水師提督萬正色既復海壇，朱天貴遁據南日、湄州等嶼。復自海壇進剿，天貴南遁。尾至平海嶼，天貴復合偽將軍林陞駕■〈舟宗〉三百餘隻踞崇武嶼，率■〈舟宗〉迎戰。正色擊沈其■〈舟宗〉二十餘隻，陣斬偽總兵吳丙、偽副將林勳等，克復湄州、南日、平海、崇武諸嶼（東華錄）。
海澄既復，鄭氏將吳桂、羅士鉁、吳天祿各率眾投誠，並願效力前驅。楊捷飛咨督撫將軍，調撥滿漢將弁配坐船隻，從潯尾進兵。即令吳桂等協同官兵，從海澄一路進。二十七日，防守廈門總兵黃瑞、張雄等率眾降（平閩紀）。
康親王傑書奏：海中大定、小定地方，偪近廈門、金門，系我師必由之道；鄭經遣偽將軍張志屯糧聚眾，欲踞此地，以與我師相拒。臣遣駐防杭州副都統吳申巴圖魯率滿洲綠旗官兵齊進，大定、小定悉行恢復（東華錄）。
經回至東寧。經母董氏召經數之曰：『馮陳之業衰矣，猶有先君黃洪之刃；若輩其庸可赦乎？不才子徒累維桑，則如勿往也』（小腆紀年）！
耿精忠疏請入覲。得旨：著來京。以馬九玉為福州將軍，轄藩下兵（逆臣傳、東華錄）。
五月，東寧地有聲如驢鳴，半路店雨雹大如雞子，災異數見（海上見聞錄）。
六月，康親王傑書奏：偽將軍江機等聚眾恃險，通連海寇，為福建、江西、浙江三省之害巳久。今福建巡撫吳興祚等宣示招撫，江機等率領偽官一千一百三十八員、兵丁四萬三千六百二十九名投誠，各分別歸農補伍。
姚啟聖奏：偽總兵馬興龍就撫復叛，賊■〈舟宗〉往來銅山、南澳等處。臣密遣總兵朱光祖招撫偽將軍朱天貴等，諭以如遇馬興龍，用心糜縶。今朱天貴已暗拘馬興龍父子及弟五人沉死海中，各偽鎮始隨朱天貴投誠（以上東華錄）。
七月，鄭氏部將陳永華病故（海上見聞錄）。
八月，敘招撫海寇功，加福建總督姚啟聖兵部尚書銜（東華錄）。
諭兵部：臺灣澎湖暫停進兵，令總督巡撫等招撫賊寇；如有進取機宜，明晰具奏。
姚啟聖奏：偽將軍楊彪（即楊一豹）率領偽官兵三萬一千餘員名投誠（以上東華錄）。
二十年（永曆三十五年、一六八一）正月二十八日，鄭經卒於承天府行臺。三十日，馮錫範、劉國軒調兵駐承天府，會六官議立嗣。董氏與諸子收監國印，克■〈臧上土下〉不肯與；眾議以克■〈臧上土下〉乃乳母抱養之子，非親血脈，乃縊殺之。妻陳氏，亦自殺。二月一日，董氏率世子克塽登位，時年十二；馮錫範，其妻父也。百官朝賀畢，董氏起出位，諭所以誅監國故，以世子克塽託馮、劉等竭力匡扶，涕淚沾襟。以馮錫範，為忠誠伯、劉國軒為武平侯（國軒初以破海澄功封武平伯，至是封侯），大赦國中。先是貝子賴塔與經書曰：『自海上用兵以後，朝廷屢下招撫之令，而議終不成，皆由封疆諸臣執泥削髮登岸，彼此齟齬。臺灣本非中國版籍，足下父子自闢荊榛，且睠懷勝國，未嘗如吳三桂之僭妄，本朝亦何惜海外一彈丸地，不聽田橫壯士逍遙其間乎？今三藩殄滅，中外一家，豪傑識時，必不復思噓已灰之焰，毒瘡痍之民。若能保境息兵，則從此不必登岸、不必薙髮、不必易衣冠。稱臣入貢可也，不稱臣、不入貢亦可也。以臺灣為箕子之朝鮮、為徐市之日本，於世無患、於人無爭，而沿海生靈永息塗炭。惟足下圖之』！經報書請如約，惟欲留海澄為互市公所。姚啟聖不可，議遂格。而經自兵敗東歸，潦倒抑鬱，日近醇酒、婦人。至是卒，臺人所稱永曆三十五年也；年三十九，凡嗣位十九年。長子克■〈臧上土下〉，實乳婢出，經以陳永華女配之；用永華言、命監國。禮賢下士，謹法令，物望歸之。而群小憚其明察，經諸弟亦不利其立；馮錫範先以計罷永華兵柄，永華鬱鬱死，克■〈臧上土下〉失助，遂共讒諸董氏，殺之。以次子克塽嗣為延平王，幼弱不能蒞事，諸務皆決諸錫範，人心益離（海上見聞錄、小腆紀年）。
二月，福建總督姚啟聖、巡撫吳興祚奏請開邊界，俾沿海人民復業。得旨：廈門、金門諸處已設官兵防守，應如所題，照舊展界。如有奸民借此通賊者，仍令嚴行察緝。
敘克海壇、廈門、金門功，給吳興祚拜他喇布勒哈番、又一拖沙喇哈番，萬正色拜他喇布勒哈番，餘陞敘有差。
六月，諭總督姚啟聖、巡撫吳興祚、提督諾邁、萬正色等：鄭經既死，賊中必乖離擾亂，宜乘機規定澎湖、臺灣；其與將軍喇哈達、侍郎吳帑春同心合志，將綠旗舟師分領前進，務期剿撫並用，底定海疆，毋誤事機。
七月，諭議政王大臣等：原任右都督施琅系海上投誠，且曾任福建水師提督，熟悉彼處地利、海寇情形；可仍以右都督充福建水師提督總兵官，加太子太保，前往福建。
到日即與將軍、總督、巡撫、提督商酌，剋期統領舟師，進取澎湖、臺灣。其萬正色改為陸路提督，諾邁還京候補。
十月，施琅奏：督撫均有封疆重寄，今姚啟聖、吳興祚俱決意進兵，臣職領水師征剿事宜，理當獨任，但二臣詞意懇切，非臣所能禁止，相應奏聞。得旨：姚啟聖統轄福建全省兵馬，同施琅進取澎湖、臺灣；巡撫吳興祚有刑名、錢糧諸務，不必進剿（以上東華錄）。
十二月，敘恢復海澄、廈門、金門十九寨功，授楊捷三等呵達哈哈番（東華錄）。
初，經在廈門時，姚啟聖賂其嬖人施亥，令擒經以自歸，不果。及克塽立，而經母董氏卒，馮錫範主國事，劉國主兵事。賓客司傳為霖密約十三鎮同日發難，事洩。十一月，誅傳為霖及同謀商壽、陳國威，盡殺其子弟；續順公沈瑞令自經，家屬入官。國軒居臺，被刺者再，都氏益惶駭不知所為。姚啟聖奏：經死，子少國亂，時不可失；水師提督施琅習海道，可用。內閣學士李光地奏亦同（海上見聞錄、小腆紀年）。
二十一年（永曆三十六年、一六八二）正月，施琅至閩，於廈門各處調兵整船。劉國軒以銃船十九號、戰船六十餘號、兵六千人撥諸將守澎湖，身往來督視（海上見聞錄）。
二月，調董國興為福建巡撫。
福建提督施琅奏：夏至南風盛發，不可進兵，請至十月大舉。上命議政王大臣集議；僉謂師期不便屢遷，應檄總督姚啟聖、提督施琅剋期於夏至後進取臺灣。得旨：進剿海寇，關係重大，總督姚啟聖、提督施琅身在地方，將海面形勢、賊中情狀審察確實，如有可破可剿之機，毋失機會（東華錄）。
七月，劉國軒歸自澎湖，安平鎮火（海上見聞錄）。
八月，福建總督姚啟聖奏：閩省有綠旗兵，又有漢軍甲兵，進取臺灣、防守地方，業已足用，大兵宜撤回。上命將軍喇哈達等盡率福建大兵還京師（東華錄）。
十月，臺灣饑（海上見聞錄）。
福建提督施琅奏：臣於水師營中簡精兵二萬餘、戰船三百艘，已足破滅海寇；請命督、撫趕辦糧餉給臣軍，獨任臣以討賊，無拘時日。臣整理舟師，時加操練，但遇風利，即可進兵（東華錄）。
十二月，承天府火災，沿燒一千六百餘家。米價騰貴，民不堪命（海上見聞錄）。
是年，浙江總督李之芳會題楓嶺營屬浙、閩分轄，永為定制（李文襄年譜）。
二十二年（永曆三十七年、一六八三）正月，馮錫範備兵鹿耳門（海上見聞錄）。
二月，臺灣米價大貴（同上）。
以金鋐為福建巡撫。
福建提督施琅奏：進剿臺灣，選派水陸官兵已足辦賊，平陽總兵官朱天貴所部之兵，似不必更留福建，虛糜糧餉；請發回原汛。得旨：提督施琅進剿臺灣，深入海島，朱天貴及原帶官兵仍留福建，在後策應，聽憑施琅調遣。
五月，劉國軒率師至澎湖。先是，姚啟聖奏：劉國軒遣偽官黃學齎書至，請照琉球、高麗等外國例稱臣進貢，不薙髮登岸，應否如所請？請旨定奪。上不許（以上東華錄）。
六月十四日，施琅自銅山開船，大小五百餘號，姚啟聖撥陸兵三千隨征。十五日，到八罩。十六日，進攻澎湖。國軒帥兵屯風櫃嶼、牛心灣，別遣林陞等屯兵雞籠嶼，沿岸築壘環二十餘里，間壘列砲，星羅碁布，並巨艦數十以待。諸將皆望風逡巡，惟提標藍理、曾成（一作誠）、張勝、正黃旗侍衛吳啟爵、同安遊擊趙邦試、海壇遊擊許英、銅山遊擊阮欽為以七船冒險深入鏖戰，縱火焚舟。琅恐有失，急將坐船衝入，內外夾攻。國軒分兩翼擊之，集矢琅目幾殆，力戰始解，琅同七船隨流而出。時天色將晚，遂在西嶼頭洋中拋泊。明早，舟次於八罩。國軒聞而喜曰：『誰謂施琅能軍？天時地利，莫之能識。諸君但飲酒，以坐觀其敗耳』！蓋澎湖六月數起颶風，無三日晴朗；而近澎湖島，下有老石槎枒若鐵樹，削利無比。凡泊舟，遇風起立破。乃停泊數日，竟浪靜風恬。十九早，移至虎井；琅聚小舟於內外塹峙間，密覘形勢。澎水故鹹，乃王師雲集，泉水忽甘，眾有益奮。於是再申功令，嚴明賞罰。命總督陳蟒等領船五十號從東畔峙內直入四角山，又令總兵董義等領船五十號從西畔內塹直入牛心灣，以為疑兵，示以若登岸者。琅自率諸鎮將，部署大船五十六號居中，分為八股排；入餘船以次而進，以為後援。二十二日巳刻，南風大發，南流湧起，遂下令揚帆聯進。國軒發火矢噴筒，煙焰蔽天。官軍裹創力戰，無生志；風利舟快，瞬息飛駛，居上流、上風之勢，壓擠攻擊，一可當十。亦多用火器火船，乘風縱發；國軒舟焚燬殆盡，陣斬林陞、邱煇、江勝、陳啟明、吳潛、王隆等，兵士死者萬餘人。國軒見勢蹙難支，遂乘小舟從北面吼門逸去。琅前鋒朱天貴中砲而死，水陸官兵亦陣亡三百二十九員，帶傷者千餘員名。然國軒敗回，群情洶洶，魂魄俱奪。先是，有道士黃性震自言能得國軒要領，啟聖官以千戶，使奉密書招之；國軒以書報性震，故洩之，於是上下解體。琅駐師澎湖，休勞士卒，收拾船隻，為進取臺灣計。下令：有戮降卒者抵死。於是諸島投戈者數千人皆厚恤之；有欲歸見妻子者，令小船送之。降卒相謂曰：『施軍門肉我白骨矣』！歸共傳述之，臺灣民眾惟恐王師之不早來。克塽與錫範泣相謂曰：『民心既散，誰與死守？浮海而逃，又無生路！惟有求撫一策耳』。乃遣鄭平英、林惟榮、曾蜚、朱紹熙齎乞撫書表，於閏六月八日至軍前，且求聽居臺灣；琅不許。七月十五日，克塽復遣馮錫珪、陳夢煒、劉國昌、馮錫韓同至軍前，一遵教令。琅令侍衛吳啟爵及筆帖式常在同馮錫珪等前往臺灣見克塽，謂之曰：『足下退居島嶼，原與三王不同（謂吳、耿、尚）。三王國家叛臣，罪在不貰；足下三世仗義於海澨，亦人所難。今若向化歸德，使海宇廓清，朝廷必有格外殊恩，當不失爵祿也』。國軒曰：『澎湖之役，天也，非人也。誰敢復有異志』？遂下令兵民剃髮（海上見聞錄、三藩紀事本末、小腆紀年）。
八月十三日，琅至鹿耳門；國軒使人除道，迎入。十八日，賫延平王金印一、招討大將軍金印一、公侯伯將軍銀印五，籍土地、戶口、府庫、軍實詣軍門降。克塽嗣立凡二年，時年十五。自成功至克塽凡三世，奉永曆正朔三十八年，而明朔亡。其故明監國魯王世子桓、瀘溪王慈曠、巴東王江、樂安王俊、舒城王著、奉南王熺、益王宗室鎬亦詣軍門降。寧靖王術桂嘆曰：『是吾歸報高皇之日也』！具冠服北面再拜二祖列宗，招臺人別飲，舍所居為佛寺，從容投繯死；妾袁氏、王氏、秀姑、梅姐、荷姐殉之（臺灣府志云：術桂字天球，太祖九世孫，遼王後長陽郡王次支也）。先十日，臺灣有大星如斗殞於東南。至是，施琅刑牲告於延平王鄭成功之廟曰：『自同安侯入臺，臺地始有居人。逮賜姓啟土，始為巖疆，莫敢誰何。今琅賴天子威靈、將帥之力，克有茲士；不辭滅國之誅，所以忠朝廷而報父兄之職分也。獨琅起卒伍，與賜姓有魚水之歡；中間微嫌，釀成大戾。琅於賜姓，翦為仇讎，情猶臣主。蘆中窮士，義所不為。公義私恩，如是則已』。語畢，投地大慟。疏請經略臺灣，略云：『所有鄭成功之子偽輔政公鄭聰等六人，鄭經之子克塽及其弟■〈與上土下〉偽恭謹侯鄭克等九人，偽武平侯劉國軒、偽忠誠伯馮錫範等子弟及明裔朱桓等十七人，並績順公下官兵家口、海澄公家口，俱撥船配載官兵，陸續護送，歸之京師，聽候安插。其餘偽文武各官家口，見在趣令起行。兵丁有願入伍及歸農者，聽其自便。至於江、浙、閩、粵各省被獲男婦，已悉令回籍。其冊印劄付，已次第追繳。倉庫、人民、戶口、冊籍、船艘、軍器俱令巡海道等察收，下所司知之』。克塽至京師，授漢軍公，錫範漢軍伯，國軒天津總兵，亦封伯，何祐梧州副將，克塽弟克■〈與上土下〉準開牛祿，叔鄭聰等俱以三品、五品食俸，隨旗收其地。琅受降時，由海道報捷，七日抵京；而姚啟聖由內地馳驛，後二日至。上加授琅靖海將軍，封靖海侯世襲（三藩紀事本末、東華錄、小腆紀年、皇朝武功紀盛、臺灣舊志）。
十月，命吏部侍郎杜臻等往閩、粵、江、浙勘沿海邊界，招墾荒地，復諸遷民業。初，康熙十九年六月，福督姚啟聖上疏，言投誠之眾，率皆前日遷徙之民。若不給與俸餉，無以安其身心；欲給之，則有限金錢，不可為繼。若令歸農，又多無農可歸，勢必復去而為盜。以臣愚慮，莫若將界外田地，盡行給還。方今海外要地，已設提督總兵大臣，重兵屯守，是官兵在外，而投誠在內，夫復何慮。且彼等樂得故土，人人有安土重遷之思，即迫之為盜亦不可得矣。至是，得旨：沿海田地，應給民耕種；其緊要地方，仍應防守。因議當行四事：察瀕海之地以還民，一也；緣邊寨營鋒堠向內地者，宜仍徙於外，二也；海壖之民以捕鮮、煮鹽為業，宜並弛其禁，三也；故事：福建漳州府通市舶，行賈外洋，以禁海暫阻，應酌其可行與否，四也。於是福州、興化、泉州、漳州等四府、福寧一州所屬十九州縣原遷界外田地共二萬五千九百四頃零，自康熙二十年展界，至二十二年止，已經墾復四千八百八十六頃零。尚餘未墾田地二萬一千一十八頃零，並額外老荒七百零頃，共二萬一千七百一十八頃零，並交地方官；有原主者令其復業，無原主者招徠勸墾。據州縣陸續呈報，歸業丁口四萬八百有零，承墾田地一萬七千一百三十二頃零。其丁口花名及地荒、老數目並鹽田、灶田、屯田分晰數目，聽該府造冊另報，令其照例起科。惟海禁仍行禁止（粵閩巡視紀略、東華錄）。
十二月，調施維翰為福建總督（東華錄）。
二十三年（一六八四）四月，差往福建料理錢糧侍郎蘇拜會同福建督撫、提督等奏：臺灣地方千餘里，應設一府曰臺灣，三縣曰臺灣、鳳山、新羅，一廳曰澎湖，設巡道一分轄。應設總兵官一、副將二、兵八千，分為水陸八營。澎湖應設副將一、兵二千，分為二營。每營各設遊、守、千、把等官。從之（東華錄、三藩紀事本末）。
五月，調王國安為福建總督，裁浙江總督。
九月，兵部題：原任福建提督姚啟聖修理兵船兵器，浮冒錢糧四萬七千餘兩，應行追賠。得旨：姚啟聖攻取臺灣有勞績，著免其追賠。
二十四年（一六八五）三月，福建提督侯施琅奏請卹賞進剿澎湖傷亡兵丁。上諭：此等貧兵，早給一日卹賞，使得早受一日實惠。此後著一概速行議卹（以上東華錄）。
——錄自福建通紀卷十三。
二十五年（一六八六）四月二十日，臺灣地大震（東溟文後集）。
以張仲舉為福建巡撫。
二十六年（一六八七）三月，大學士等奏：浙江福建總督一缺已改為福建總督，然浙江、福建皆系近海地方，請仍改浙江總督為浙江福建總督，似屬有益；從之。
調王新命為浙江福建總督。
丙申，以王隲為福建浙江總督。
二十七年（一六八八）九月，命臺灣文職員缺准該撫於閩省見任官內揀選調補。
四月，命臺灣鑄錢。
五月，以興永朝為福建浙江總督。
二十九年（一六九○）六月，以卞永譽為福建巡撫。
三十一年（一六九二）十二月，以朱宏祚為浙江福建總督（由廣東巡撫遷）。
三十四年（一六九五）二月，以郭世隆為浙江福建總督（以上東華錄）。
三十五年（一六九六）七月，新港民吳球謀亂，伏誅（臺灣志略）。
三十六年（一六九七）四月，以宮夢仁為福建巡撫。
十一月，福建巡撫宮夢仁居官劣，著解任。以張志棟為福建巡撫。
三十八年（一六九九）二月，免福建臺灣府屬上年水災額賦有差（以上東華錄）。
臺灣吞霄土官卓個、卓霧、亞生作亂。五月，淡水土官冰冷殺番社主賬金賢等。七月，水師襲執冰冷。八月，署北路參將常泰以岸裏社番擊吞霄，擒卓個、卓霧、亞生以歸，斬於市。初，通事黃申於吞霄征派無虛日，社番苦之。土官卓個、卓霧、亞生鷙而驍，陰謀作亂。會番當捕鹿，申約計日先納錢米而後出。卓個等鼓眾大譟，殺申及其夥十數人。鎮道遣使招諭，不得入；乃發兩標官兵，委常泰進剿。而新港（屬臺灣縣）蕭壟、麻豆、目加溜灣（屬諸羅縣）四社番（在鄭氏時為四大社。其子弟能就鄉塾讀書者，蠲其徭，欲以漸化之。四社番亦知勤稼穡，務蓄積。又近郡治，習見城市居處禮讓，故其俗於諸社為優。蕭壟近海，不當孔道，尤富庶）為前導，個、霧等阻險據守，四社番死傷甚眾。有獻計者曰：『岸裏社番穿林箐、越闊谷如飛，擒個、霧非此不可』。時岸裏社尚未內附，乃遣譯者入說其魁，多致糖煙銀布。番大喜，自以收捕為功；繞出吞霄山後，日有擒獲；官軍攻其前。個、霧等大窘，逃入山內，岸裏番設伏擒之；至郡，尸諸市，傳首以示諸番。是役也，勞師七閱月，官軍被瘴死者數百人。冰冷者，淡水內北投土官麻里郎吼婚姻也。麻里郎吼有女字主賬金賢，賢將娶之，其父憐其女幼也，弗與，告賢曰：『俟長以歸汝』。賢縛丈人於樹而撻之，麻里郎吼以愬冰冷而泣。冰冷故凶悍，率眾射殺賢；諸與賢善者皆殺之。時方征吞霄，冰冷遣使與個、霧等通。有水師百總者，巡船至淡水，聞變，潛泊海口，冰冷未之覺。百總遣他社番誘以貨物，伏壯士水次，縛之，亟登舟。比諸番出護，已掛帆矣。會吞霄平，諸番以首惡既誅，因通事求撫。百總惜失其名（臺灣舊志）。
三十九年（一七○○）十月，以梅鋗為福建巡撫（東華錄）。
是年，仁皇帝詔曰：朱成功系明室遣臣，非朕之亂臣賊子，敕遣官護送成功及子經兩柩歸葬南安，如田橫故事；置守塚，建祠祀之（考曰：云歸葬者，挈棺入京，行獻俘禮。小腆紀年）。
四十年（一七○一）十二月，諸羅劉卻作亂，伏誅。卻為管事，以拳棒自負，日與無賴惡少往來，歃血為盟。久之，其黨有謀不軌者，以為非卻眾莫從，乃深夜燃樟腦，竊置卻屋，瓦火上燭，召同盟者示之曰：『劉大哥舍中每夜紅光燭天，非常兆也』。會卻家神爐無故發火，眾曰：『此不君、即帥耳』。卻心動，穴地於舍，佯置田器，冶鐵為刀鎗各械，約日舉事。臘月七日，揚旗擊鼓，毀下加冬營，散其兵；乘夜抵茅港尾，掠市中貨。亂民及諸番乘機四出劫掠，破家者甚眾。卻退屯急水溪，北路參將白通隆整眾禦之，鎮、道兩標併發兵應援。越五日，官兵大集，戰於急水，卻大潰，生擒其黨陳華、何正等。卻走匿山藪，常晝伏夜出。四十二年二月，擒獲於笨港之秀莊。師還，斬卻於市，並其長子杖殺之，妻孥皆發配（臺灣舊志）。
四十一年（一七○二）十月丙午，以金世榮為浙江福建總督。
四十三年（一七○四）十月，以李斯義為福建巡撫。
四十五年（一七○六）三月，福建巡撫李斯義奏報臺灣、鳳山、諸羅三縣旱災。上諭：臺灣地方窪下，一遇亢旱，即至歉收；著將臺灣等三縣糧米全行免蠲。
五月，諭：閩省海疆與臺灣相近，總督職任，必得才兼文武之人乃可。原任總督金世榮為人忠厚，居官雖無惡處，然無才不能治事；去年福建小有旱災，金世榮並未舉奏。其奏改海中商舶式樣，雖奉准行，亦不能改，殊有忝總督之任矣。
四十六年（一七○七）三月諭吏部：福建巡撫員缺甚為緊要，張伯行為人篤實，即在行間亦非退縮者，著升為福建巡撫。
四十七年（一七○八）二月，免福建臺灣等三縣上年旱災額賦有差（東華錄）。
是年，巡撫張伯行疏請將臺灣縣康熙四十六年分應徵額粟三萬三千八百九十二石六斗零、鳳山縣應徵額粟四萬二百五十八石四斗、諸羅縣應徵額粟三萬三千五百四十五石三斗零，於四十七、八兩年帶徵。所徵前項額粟，仍彙入各年奏銷冊內一並報部查核，以舒民力（正誼堂文集）。
四十八年（一七○九）十一月，以許嗣興為福建巡撫。
四十九年（一七一○）九月，諭吏部：福建巡撫許嗣興才力不能任事，著解任；福建巡撫著浙江巡撫黃秉中調補（以上東華錄）。
五十年（一七一一）九月十一日，臺灣地震（東溟文後集）。
十月，諭福建巡撫黃秉中：臺灣府屬五十年應徵稻穀已經徵完，在官雖蠲免，於小民無益；其應徵康熙五十一年稻穀，著行蠲免。
十一月，以覺羅滿保為福建巡撫。
五十一年（一七一二）二月，浙閩總督范時崇等列款糾參革職福建提督藍理貪婪酷虐，流毒士民，應請拏究。十一月，上命侍郎覺和托等將藍理帶往福建會審。至是，覺和托察審藍理霸市抽稅，婪臟累萬，被害不止一家，流毒已極，應擬斬立決。得旨：藍理應依議處斬，但在臺灣澎湖對敵之時，奮勇向前，著有勞績，著從寬免死，調取來京入旗（以上東華錄）。
五十二年（一七一三），以臺灣軍興，減免福建各屬田租（石渠餘紀）。
五十四年（一七一五）十一月，以覺羅滿保為福建浙江總督。
十二月，調陳璸為福建巡撫。
五十五年（一七一六）五月，福建浙江總督覺羅滿保奏：據臺灣鎮道詳報：南北生番四千七百餘口傾心向化，願同熟番內附。得旨：著地方官加意撫卹，倘有侵沒擾害者，該督撫即行指名奏參，從重治罪。
五十七年（一七一八）二月，免福建臺灣等三縣去年旱災額賦有差。
五月，兵部議準福建浙江總督覺羅滿保奏臺灣一郡有極衝口岸九處，應修築砲臺十一座，內中路之鹿耳門為全臺咽喉出入要口、安平鎮為臺灣水師三營駐紮之所，舊有紅毛城一座，見在補築城垣，其餘等處亦見在修葺；有次衝口岸十五處，應修砲臺一十八座。再查澎湖地方實為臺灣門戶、金廈藩籬，有極衝口岸四處，內如媽祖澳原有新城一座，見在修葺，其餘等處應築砲臺七座；有次衝口岸五處，應築砲臺三座，酌撥官兵巡守。北路之淡水、雞籠為販商要路，又為臺郡後門，向系臺郡水師左營汛地，並未安兵屯駐；請於臺灣各營額兵內酌量抽調兵五百名、戰船六隻，設立淡水營，令北路營參將管轄，並請移興化城守右營守備駐防淡水，於臺鎮標中營撥千總一員、臺協左營撥把總一員為淡水營千總，每年輪流分防雞籠。從之。
以呂猶龍為福建巡撫（以上東華錄）。
五十九年（一七二○）十月朔，臺灣地大震。十二月八日又震十餘日，房屋傾倒，居民多壓死（東溟文後集）。
六十年（一七二一）四月，臺灣民朱一貴作亂，總兵官歐陽凱、水師副將許雲、南路參將苗景龍、遊擊劉得紫、游崇功、千總陳元等死之。一貴，長泰人，小名祖；游手無藝，好結奸宄。於康熙五十二年充臺廈道轅役被革，居母頂草地，飼鴨為生。其鴨旦暮編隊出入，愚民異之。無賴過者，輒款延烹鴨具饌，務盡歡。時承平日久，守土恬熙。臺灣知府王珍兼攝鳳山縣令，委政次子，稅斂苛虐。以風聞濫捕結會及私伐山木者二百餘人，株連需索，民不堪其擾。於是鳳山縣民黃殿、李勇、吳外、鄭定瑞等謀變，曰：『今地方官但知沈湎摴蒱耳，兵民瓦解；欲舉大事，此其時乎』！以一貴朱姓，可託明裔。十九日，遂奉以起事，稱「中興大元帥」，率眾數百夜襲岡山塘汛。二十一日，警報至郡，總兵官歐陽凱集將弁議出兵。中營遊擊劉得紫請行，不許令右營遊擊周應龍以兵四百及新港、目加留灣、蕭壟、麻豆四社土番往。應龍軀榦魁偉，議論風生，故主兵重之。是日微雨，應龍率兵番行五里即止，翌日再進十五里。一貴已於是夜出檳榔林劫防汛，戕把總，掠軍械；而應龍隔一水不往救。一貴乃旁掠四出，南路民杜君英等起應之。二十二日，應龍兵至小岡山遇賊，千總陳元、把總吳益等奮力掩擊，一貴敗走入山。應龍收兵弗追，紮二濫，但傳令懸賞購殺賊者。土番性凶殘殺良民，縱火燔民居，死者無數，人心激忿，各鄉樹幟響應。於是杜君英、陳福壽、劉國基起淡水，郭國正、翁義起草潭，戴穆、江國論起下埤頭，林曹、杜騫、林璉起新園，王忠起小琉琉，皆約一貴攻府治。君英合眾襲南路參將苗景龍於下淡水，景龍敗死。二十五日，應龍聞警往救，日行十五里。越日遇敵於赤山、君英、一貴兩路夾攻之。方激戰，應龍遽以後隊退，陳元陣歿、吳益創重佯死、周應被擒、李碩負傷走，而應龍竟回府治。一貴大隊隨之，郡中大震。二十七日，歐陽凱、劉得紫、許雲共率師千有五百出禦，列營春牛浦以待。忽軍中夜驚，鎮兵四散。二十八日黎明稍集，然人無戰心。逾日，敵兵大至；許雲躍馬陷陣，敵大敗。時水師遊擊遊崇功以兵入鹿耳門赴援，遇臺廈道梁文煊、知府王珍等眷屬登舟，嘆曰：『官者兵民之望，官眷逃則人心散，大事去矣』！麾眾馳春牛浦。五月一日，一貴、君英合隊來犯。鎮兵忽內亂，把總楊泰綽號達家勇者先通賊，刺歐陽凱墜馬死；劉得紫被執，許雲、遊崇功等十餘人皆死。水師遊擊張彥賢、王鼎等率兵千餘人、戰船四十餘艘揚帆出澎湖，應龍復遁歸內地，臺道文煊以下盡奔澎湖。
一貴既入臺郡，北路賊賴池、張岳等同日陷諸羅，參將羅萬倉（一作蒼）死之。凡七日而全臺盡失。時臺中賊黨剽掠村社，半線上下多被蹂躪，所未至者惟南崁以北爾。淡水營守備陳策團練義勇，固守要害，擒殺亂民范景文等；又率淡水村義民侯觀德、李直三等以鄉兵破一貴賊數萬，斬獲萬許。諸羅義民陳徽等亦起兵攻復縣治，旋為賊陷。陳策遣人赴澎廈請兵。一貴等開府庫。有紅毛樓者，故荷蘭據臺時所築，舊名赤嵌城；後鄭氏以貯軍火，四十年來莫有啟者。至是發之，得大小砲位、槍彈、硝磺、銅鐵無算。一貴乃自稱中興王，號永和元年；大封其眾國師、太師、公、侯、都督、將軍、尚書、總兵以下千計，優伶衣冠，煇煌道上。民間為之謠曰：『頭戴明朝帽，身穿清朝衣；五月稱永和，六月還康熙』。蓋當日雖婦人孺子，亦知其不久也。
臺中逃官及難民抵澎湖，澎協將弁皆倉皇失措，以為一貴將長驅至，亦各出眷屬登舟，將竄廈門。右營守備林亮請主將掣回登舟各家屬，諸將猶豫未決；亮按劍厲聲曰：『朝廷以海外封疆付我等，今鋒刃未血而相率委去，他日駢首市曹，寧能免乎？丈夫不死則已，死則死忠義耳！請整兵配船守要害，俟賊至決一死戰。戰不捷，公等歸亦未晚』。乃馳出江干，申主將令，拔佩刀驅官民眷屬各登岸，人心始固。時水師提督施世驃駐廈門，見難民船日至甚眾，始知臺變。而郡中文武竄至澎湖，喘息稍定，然後具文申報至廈，世驃即日率師出港。總督覺羅滿保疾馳抵廈門，咨檄南澳鎮總兵藍廷珍。而廷珍條上進兵事宜之書至，所議悉與吻合，大喜曰：『吾調此君，平臺得人矣』！責成巡撫呂猶龍調餉佐軍，使廷珍總統渡臺，水陸兵八千、船四百（一作六百）艘，會提督合兵進剿。六月一日師行，滿保躬造海濱送之。廷珍意氣激昂，從容語總督曰：『草寇不足煩區處，某一登彼岸，即可奏報蕩平也』。初十日，抵澎湖，適降將吳良受一貴命謀取澎湖，赴世驃營前詐降。事覺訊之，盡吐黨中情形，知其黨內亂，一貴、君英互爭雄長，謀相攻，百姓不附。廷珍言於世驃曰：『群盜皆烏合不足憂。但眾至三十萬，誅之不勝誅，且多殺無益；宜張示止殲渠魁，餘勿問。則人人有生之樂、無死之心，可不血刃平也』。世驃然之，並戒將士登岸之日無得妄殺。十三日發澎湖，以守備林亮、千總董方為前鋒，並率善水者十餘駕小舟同前鋒先行，於鹿耳門表記沙路，並載旂幟伏南北港。時賊以大砲扼險迎拒。十六日，舟師至鹿耳門外，先鋒林亮、董芳以六舟冒死直進，遙望砲臺火藥纍積；專以砲注攻，中之，轟發如雷，守臺者死無數。眾軍齊集兩港，悉樹大軍旂幟；潮水漲高八尺，廷珍率四百餘艘連檣並進，直渡鯤身。敵將蘇天威退保安平鎮，與城守鄭定瑞列隊迎拒。林亮、董芳復先登陷陣，廷珍督大隊繼之，蘇、鄭敗走，廷珍入鎮城。次日，世驃始至。敵二次來犯，皆為廷珍擊退。十八日，遊擊魏天錫等以輕舟載鎗砲、硝磺、烈燄於塗擊埕、水仔尾等處燒賊巨艦。十九日，朱一貴遣李勇、吳外等率賊數萬，駕牛車列盾為陣，復犯安平，賊目翁飛虎率所部烏龍旗冒砲火衝突。廷珍督戰於二鯤身，而林亮等別以小舟載砲附岸夾攻，斬溺無算。自是，一貴等退入府治不敢出。有西港民某願導兵由西港暗渡，出府治之背攻其巢；世驃遣亮、芳等以兵千二百往。次日，廷珍知其事，乃急言於世驃曰：『西港距府不遠，呼召立應，又多竹林可埋伏；彼若以數千人分佈要害，四面掩擊，亮等一軍危矣。宜遣將統大軍繼其後，方可萬全』。世驃曰：『誰當此者』？廷珍曰：『非他人所能往，某不敢辭』。二十一日，率水師五千五百餘，夜指西港進發。黎明在竿寮（一作官寮）鄉登岸，令空舟悉回安平。諸將請其故，廷珍曰：『示軍士必死無還心，今日戰勝、明日直抵府治耳』。會敵在蘇厝田，與林亮等正激戰，廷珍嚴陣設伏而進。敵望見曰：『此老藍旗幟也』！驚而潰。是夜，駐犁頭標，料敵眾必乘夜劫營，伏兵大敗之。比曉抵城下，敵數萬遁去。廷珍夜入城，秋毫無犯，民大悅；時二十三日也。自進兵至此，裁七日耳，遂復府治。廷珍報捷廈門，而世驃先於軍中奏捷矣。世驃亦同抵城，獲殺害歐陽凱、許雲、羅萬倉之楊泰、黃龍、陳碧三人，各付其子歐陽敏、許方度、羅世正等自行處死。
閏六月，總兵官藍廷珍復分遣官兵擴清南北二路。遊擊劉得紫亦自賊中拔歸大營，請為鄉導；淡水營守備陳策率援淡水之兵南下諸羅，與大軍合。北路賊黨潰散殆盡。朱一貴走匿諸羅縣尾溝莊（一作灣裏溪），為村民擒獻。惟逆黨杜君英、杜會三（君英子）、陳福壽、江國論等尚未獲；廷珍購得一二，皆善待之，使轉招其黨。旬日，先後出降，與朱一貴皆檻送京師，磔死。又緝捕鹽水港、紅毛寮、石壁寮、下淡水、竹仔腳等處土匪，分別正法，人心大定。其敗逃之遊擊周應龍及棄臺逃回之臺廈道梁文煊、同知王禮、臺灣知縣吳觀棫，諸羅知縣朱夔俱訊明伏法。知府王珍剖棺梟示；遊擊張彥賢等亦解任，審明定擬。先是，朝廷得世驃捷奏，大喜，賜東珠朝帽、黃帶四團龍補服；又擢淡水營守備陳策為臺灣鎮總兵，加左都督藍廷珍仍總兵，留臺灣彈壓（以上平臺紀略、聖武記、皇朝武功紀盛、二希堂文集、東溟文後集、臺灣志略、清史紀事本末）。
七月，福建巡撫呂猶龍奏報：總督覺羅滿保丁母憂。得旨：臺灣新經恢復，一切整頓地方及調補官員等事急需料理，滿保著在任守制。
水師提督施世驃奏：臺灣所屬南北兩路地方，距府治遙遠；臣抵臺灣，隨調參將林政等帶兵進剿南路，遊擊林秀等帶兵進征北路，再遣遊擊朱文等直趨北路朱羅山後追捕賊黨。今據林政等報，南路賊眾與臺灣耕種粵民搆難，於六月十九日在漫莊地方被粵民殺敗。迨官軍繼至，乘勢追捕，賊目鄭廷瑞等已被千總阮欽、杷總李興盛等擒殺，餘夥盡皆逃散。據林秀等報，北路賊眾於六月二十八日在大木降地方被官兵截殺，死者甚多，餘眾悉降（以上東華錄）。
八月十三日，臺地怪風暴雨，屋瓦齊飛；風雨中流火條條，竟夜燭天。海水驟漲，所泊臺港大小船擊碎殆盡，或飄上平陸。拔大樹，傾墻垣。翌日霽，郡無完宅，壓溺者千數。以風災奏聞，發帑開倉大賑。施世驃終夜露立風雨中，疾作，以九月十五日卒於軍。事聞，給還所降之級，並加宮保。所借藩庫銀一萬兩，著賞給，不必償還。調廣東提督姚堂代其任。時廷議移臺鎮總兵於澎湖，而設陸地副將於府治，裁水陸兩中營歸內地。廷珍力爭不可，提臣姚堂亦以為言。乃仍令總兵鎮臺、副將駐澎，特命滿漢御史各一員歲巡臺灣，察民疾苦（平臺紀略、聖武記）。
十月，上諭大學士等：臺灣駐紮之兵，不可令臺灣人頂補，俱將內地之人頂補。兵之妻孥毋令帶往，三年一換。每年自京派出御史一員前往臺灣巡查，凡有應條奏事宜亦可條奏。至地方事務，御史不必管理（東華錄）。
冬，命擇臺臣廉靜有才識者往巡視臺灣，黃玉圃承命以行（望溪集）。
免臺灣等三縣風災額賦有差（東華錄）。
六十一年（一七二二）六月，以石文焯署福建巡撫。
十月，以黃國材為福建巡撫，以李樹德為福州將軍。
十二，著宜兆熊前赴福州，署理將軍事務（以上東華錄）。
世宗雍正元年（一七二三）正月，臺灣逸盜楊合謀作亂，總兵藍廷珍遣兵捕獲之，餘黨悉散（臺灣舊志）。
四月，中營千總何勉獲逸賊王忠等，伏誅。忠等，一貴餘黨，逃傀儡內山。廷珍令外委鄭國佐、林天成召番通事章旺入內山諭番眾，不許窩留；於是忠等不敢復入番界。勉備歷險阻，訪知蹤跡，遂擒忠及劉富生、陳郡等解省正法。詔授勉守備，尋升北路營參將，准襲兩世拖沙喇哈番（臺灣舊志）。
增設縣一，曰彰化；並增設淡水廳（同上）。
設淡水同知主北路捕務，與彰化知縣同城（沈文肅公奏議）。
八月，兵部議敘福建官兵克復臺灣功。得旨：總督滿保著兼兵部尚書職銜，提督施世驃著給與世襲一等阿達哈哈番，總兵官藍廷珍著給與世襲三等阿達哈哈番；水師營副將許雲陣亡，著給與世襲拜他喇布勒哈番；參將羅萬倉、遊擊遊崇功俱系陣亡，著給世襲拖沙喇哈番；總兵官歐陽凱著追贈太子少保，參將林亮著給拜他喇布勒哈番，遊擊董芳、守備何勉俱著給拖沙喇哈番。
三年（一七二五）正月，浙閩總督滿保奏：臺灣陳阿難、益難等六社生番歸化，每歲照例以鹿皮代稅。下部知之。
三月，覺羅滿保奏：臺灣及山後七十四社生番歸化。
添設福建臺灣府及彰化縣儒學教諭，諸羅縣羅漢門地方歸臺灣縣轄。
七月，以宜兆熊為福建總督，調毛文銓為福建巡撫。
十月，調高其倬為閩浙總督。
四年（一七二六）七月朔，諭：毛文銓奏福建闕米，有土棍搶米之事。此省上年奏稱豐收，並未云荒歉。且據黃國材稱，福建積榖見有一百六十餘萬石，而毛文銓乃奏請於江西採買米石。黃國材、毛文銓當日兩人之交代，種種不清可知矣。滿保、黃國材在福建多年，諸事善於掩蓋彌縫，或毛文銓被其所愚耳。至福建地處極邊，米榖應作何貯備，著九卿會議具奏。尋議福建地處海濱，福、興、泉、漳四府人多田少，皆仰給臺灣之米；自嚴禁奸商販米出境之後，民食常苦不足。雍正二年，奉旨飭發臺灣倉榖每年碾米五萬石運赴泉、漳平糶，今請再動正項錢糧，運米十萬石存貯邊海地方。至臺灣商販任許至福、泉等府貿易，其米船出入海口，設禁巡防，應令該督撫另行詳議（以上東華錄）。
是年，臺灣水沙連社番骨宗等戕殺民命，總督高其倬遣臺灣道吳昌祚、北路參將何勉討之，尋擒賊正法（臺灣舊志）。
六年（一七二八）正月，調朱綱為福建巡撫（東華錄）。
七年（一七二九）二月，高其倬檄臺灣道孫國璽、臺灣鎮王郡討平山豬毛社番（臺灣舊志）。
設福建觀風整俗使一，從禮部右侍郎蔡世遠請也。劉師恕補授內閣學士，為福建觀風整俗使。
三月，高其倬遵旨題覆：原任臺灣府鳳山縣知縣蕭震，向因命案遲延，經前撫臣題參革職。查蕭震居官勤力，人亦樸直。但因伊父母年俱八十，時時思憶，精神漸減，以致辦理不及從前，請革職留任。得旨：凡官員等有父母年高而補授略遠地方者，經朕聞知，皆曲體其情，改用近地，使之便於迎養，或得音問時通。蕭震既有八旬之父母，該督撫即應據實陳奏，俾得遂其私情，專心辦理公事，方為大臣愛養人材之道；乃隱不奏聞，致罹削職，甚為屈抑。蕭震著回籍省親後來京赴部引見，朕再降諭旨。
命高其倬來京陛見，以史貽直署福建總督（以上東華錄）。
八年（一七三○）七月，臺灣地震；八月十日又震（東溟文後集）。
九年（一七三一）十二月，彰化大甲西社番林武力等聚眾為亂，臺灣鎮呂瑞麟討之（東溟文後集、臺灣舊志）。
十年（一七三二）三月，鳳山流民吳福生乘北路番變未靖，與商大概等謀搶陴頭。總兵王郡遣遊擊李榮應援。福生等於二十八日夜焚岡山營，二十九日復焚舊社汛，四月三日夜聚攻陴頭。王郡探知陴頭賊熾，四月，留中營遊擊黃貴守府治，自率兵夜發。五日辰刻抵陴頭，即與參將侯元勳等三路夾攻，自辰至未，戰數合，賊大潰。越數日、福生、大概等三十餘賊俱擒獲，解省伏誅。六月，總督郝玉麟調呂瑞麟回府治，王郡升任福建陸路提督，討大甲西社番林武力等，尋擒獲正法。凡四閱月，北路平（同上）。
十三年（一七三五）十月，彰化柳樹湳、登臺莊生番肆出焚殺，副將靳光瀚、同知趙奇芳緝獲眉加臘社番巴里鶴阿尉等正法（臺灣舊志）。
臺灣平後，雍正年間有請建城垣者。諭云：臺灣非內地比，此次之易於收復，亦因賊無險可據；設有城垣，賊必負隅抗拒，更費兵力矣（郎潛紀聞二筆）。
——錄自福建通紀卷十四。
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