十三司帶管衙門
    浙江清吏司
    魏國公          英國公
    寧陽侯          廣寧伯
    襄城伯          新寧伯
    興安伯          南京中軍都督府
    南京神策衛      南京留守中衛
    南京廣洋衛      南京和陽衛
    南京瀋陽右衛    南京金吾前衛
    江西清吏司
    南京前軍都督府  南京都察院
    南京龍驤衛      南京天策衛
    南京龍江左右二衛
    直隸廬州府      直隸武清衛
    直隸宣州衛      直隸廬州衛
    直隸九江衛      直隸六安衛
    萬全都司龍門衛
    福建清吏司
    南京戶部        南京太僕寺
    南京應天衛
    孝陵衛                  南京金吾後衛
    南京牧馬千戶所  直隸常州府
    直隸廣德州      直隸定邊衛
    直隸開平中屯衛
    萬全都司美谷千戶所
    山東清吏司
    陽武侯          彭城伯
    南京兵部        南京尚寶司
    南京會同館      南京左軍都督府
    南京羽林右衛    南京瀋陽左衛
    皇陵衛                  直隸鳳陽府
    直隸滁州        直隸滁州衛
    直隸沂州衛      直隸宿州衛
    直隸泗州衛      直隸壽州衛
    直隸懷遠衛
    中都留守司            鳳陽衛
    長淮衛          留守中左二衛
    大寧都司保定後衛
    萬全都司龍門千戶所
    四川清吏司
    南京工部        南京僧錄司
    南京道錄司      南京府軍衛
    南京廣武衛      南京金吾左衛
    直隸大名府      直隸松江府
    直隸金山衛      萬全都司懷來衛
    懷遠衛
    山西清吏司
    南京翰林院      南京欽天監
    南京南城兵馬司  南京北城兵馬司
    南京旗手衛      南京龍虎衛
    南京英武衛      南京龍虎左衛
    南京金吾右衛    南京驍騎右衛
    直隸鎮江府      直隸徐州
    直隸徐州衛      直隸瀋陽中屯衛
    直隸鎮江衛
    湖廣清吏司
    成國公          保定侯
    隆平侯          鎮遠侯
    永康侯          豐城侯
    成山伯          忻城伯
    南京右軍都督府  南京虎賁右衛
    南京留守右衛    南京水軍右衛
    南京江淮衛      南京濟川衛
    直隸池州府      直隸寧國府
    直隸宣州衛      直隸定州衛
    大寧都司茂山衛
    萬全都司保安左右二衛
    廣東清吏司
    應天府          南京錦衣衛
    南京飛熊衛      南京府軍左衛
    南京水軍左衛    南京虎賁左衛
    南京留守左衛    直隸隆慶州 【 今改延慶】
    廣西清吏司
    南京通政使司    南京中兵馬司
    南京羽林前後二衛
    南京鎮南衛      直隸徽州府
    直隸安慶府      直隸安慶衛
    直隸新安衛      直隸通州衛
    直隸延慶衛      直隸通州左右二衛
    萬全都司延慶左右二衛
    河南清吏司
    南京禮部        南京光祿寺
    南京太常寺      南京鴻臚寺
    南京中書舍人    南京國子監
    南京東城兵馬司  南京武德衛
    南京羽林左衛    南京留守後衛
    南京府軍右衛    南京教坊司
    直隸揚州府      直隸揚州衛
    直隸淮安府      直隸淮安衛
    直隸儀真衛      直隸高郵衛
    直隸寧山衛
    陝西清吏司
    定國公          定遠侯
    西寧侯          武安侯
    泰寧侯          清平伯
    遂安伯          應城伯
    安鄉伯          南京後軍都督府
    南京大理寺      南京行人司
    南京西城兵馬司  南京豹韜衛
    南京橫海衛      南京興武衛
    南京府軍後衛    南京鷹揚衛
    南京豹韜左衛    南京江陰衛
    直隸太平府      直隸建陽衛
    貴州清吏司
    南京吏部        直隸蘇州府
    直隸順德府      直隸保定府
    直隸河間府      直隸真定府
    直隸太倉衛      直隸河間衛
    直隸天津衛      直隸蘇州衛
    直隸開平衛      直隸遵化衛
    直隸薊州衛      直隸鎮朔衛
    直隸德州衛      直隸涿鹿衛
    直隸天津左右衛
    直隸興州中左右前後五衛
    直隸忠義中衛    直隸梁城千戶所
    萬全都司保安衛  永寧衛
    宣府左右二衛    廣昌千戶所
    雲南清吏司
    黔國公          順天府
    南京太醫院      直隸廣平府
    直隸永平府      直隸潼關衛
    直隸鎮海衛      直隸真定衛
    直隸永平衛      直隸撫寧衛
    直隸東勝左右衛  直隸盧龍衛
    直隸大同中屯衛
    大寧都司營州左右中前後五屯衛
    寬河千戶所
    萬全都司萬全左右衛
    凡南京法司、問擬該決重囚。永樂間、連人卷類解北京、該部審奏裁決。宣德以後、免解京。止送南京大理寺審允。本寺類奏。奉欽依回文到部。其決不待時者、本部即行覆奏。秋後處決者、監候秋分後覆奏。各會官審決。不三覆具奏凡審錄重囚、本部照天順二年事例、每歲霜降後、但有該決重囚、會南京五府、六部、都察院、通政司、大理寺、錦衣衛堂上官、並六科、於太平門外、法司公館審錄。其情真矜疑等項、俱奏請裁決
    凡處決重囚、不及十名者、具本回奏。十名以上照舊令本部及御史錦衣衛監決官。赴京復命
    凡南京法司提問職官、不論品級、俱具奏請旨。其有革爵者之子孫、徑自拘問凡南京法司問理刑名。宣德二年、令止理京城軍民詞訟。在外者、不許准理
    ○弘治元年奏准、但有附近常鎮等府縣、滁州等州衛、人証干連、必須提對者。量提緊關人犯、責對歸結
    凡本部問完強盜得財斬罪人犯。弘治二年奏准、照在京事例、霜降以後、一體會官審錄。仍在類奏待報處決。若有矜疑、奏請定奪
    凡囚人贓罰銀鈔物件、舊類解刑部送內庫收貯。景泰元年、令俱送應天府官庫收貯、委官估計、追買物料、成造軍器
    ○五年、令委官一員、會同戶部委官點收贓罰。除金銀煎銷類解、及器皿不堪收貯者、變賣外。其銅鐵錫蠟紵絲綾羅絹布皮張等項、及追到解戶多科物料、送赴南京
    內庫收貯
    ○六年以後、令將鈔貫送南京
    內庫交收。其金銀、仍追解京轉送內府收貯
    ○成化二年、令法司及應天府贓罰銀兩貨物、暫免解京、俱送南京戶部收買米麥、以備賑濟
    ○弘治六年、令將金銀珠翠寶石、暫送南京
    內庫收貯。候蓄積數多、仍照舊解京。其見在未曾糴買米麥金銀等項、並以後贓罰衣服銅錢絹布等物、仍送應天府收貯糴米。自後每遇年終、各司贓罰金銀鈔貫等項、如前類送南京
    內庫交收凡南京各衛巡捕人員。弘治八年題准、若捕獲強盜、止許追本犯贓仗用訊杖、並拶指常刑。及暫送兵馬司收監、小事三日、大事五日、徑送法司收問。並不許私置監房、濫用夾棍等刑、逼招平人。仍不許將有贓竊盜、不送法司、展轉引稟守備衙門發落。違者、聽南京科道指實舉奏
    凡提人勘事、檢驗屍傷等項、俱照兵部奏准事例、係軍衛管束者、責成軍衛。有司管束者、責成有司。若係外處來京買賣浮住者、方許責成兵馬司幹理
    凡決杖罪囚。弘治八年議准、照在京法司常例、御史主事、公同督令地方火甲打斷。其決囚相視、照舊會南京錦衣衛官
    凡南京各衙門文武官員過名。弘治十一年奏准、年終照在京事例湔除
    凡江淮、濟川二衛馬船水夫。弘治十三年奏准、有犯笞杖罪的決、免其納紙。徒罪者、送南京工部做工、滿日送回著役
    凡夏月錄囚。正德元年議准、照在京事例、每歲夏月、南京三法司堂上官、將見監罪囚、公同詳審。矜疑等項、會奏定奪
    ○嘉靖四年題准、枷號人犯、照在京
    恩例、暫免枷號、依原擬發落、不必具奏凡南京內官內使有犯。弘治三年奏准、情輕者、暫發南京錦衣衛知在凡守衛軍士、見在直、有罪犯深重者。法司行該管衙門、押送問罪。不許擅拏。其該管官司、亦不許占吝遲誤、以致脫逃
    凡南京內外守備衙門軍民詞訟。景泰六年奏准、除所屬軍衛、及各營廠、不係緊關重事、許令受理。量情發落。及有舊例應該准理者、照舊准理外。若事情頗重、及干礙民間、或原無事例者、俱不許一概濫受、侵奪職掌、悉令經由南京通政司告送法司施行。法司亦不許發。應天府問理。其應受詞訟、若告二事以上、內一事該理者、止理一事。其不該理者、立案不行。若原告在守備衙門告理、未曾審斷、而被告又赴法司告理者、案候併問。或原告在法司未結、而被告又赴守備衙門告理者、亦就連人通送法司問結
    ○弘治十五年奏准、守備衙門、有不該受理詞訟、而輒與准行者、設奉行衙門參奏。如或轉相容隱、聽南京科道官糾舉
    工部
    尚書、左右侍郎、掌天下百工營作、山澤採捕、窯冶、屯種、榷稅、河渠、織造之政令。其屬、初曰營部、曰虞部、曰水部、曰屯部。後改營部為營繕、虞部為虞衡、水部為都水、屯部為屯田。俱稱清吏司
    營繕清吏司
    郎中、員外郎、主事、分掌宮府器仗、城垣壇廟、經營興造之事