左宗棠一生行径，也像曾国藩、李鸿章那样富有争议。有人指责他残酷镇压过太平天国和西北回民起义。在镇压西北回民起义中，左宗棠制定“剿抚兼施，以剿为主”的方略，首先要对“逆回痛予剿洗”、“痛加惩创”，并为了替被回族反叛中被屠杀的汉族报仇，对回民进行报复性屠杀。因此就有了大量对回民无分别的杀戮。尤其是在诱降后，对放下武器的回民集体屠杀。在西宁，左宗棠曾下达过见回“格杀勿论”的命令。所以左宗棠在回族人中评价极差，称之“左屠夫”。

但近期以来，越来越多的史学家都认为左宗棠在中国近代史和中国的近代化上俱做过巨大贡献的历史名臣。尤其是在抗击外国侵略、保卫国家领土主权完整、开发建设新疆上具有丰功伟绩。

左宗棠最伟大的功绩是抗击沙俄，收复新疆。同治三年（1864）年6月，新疆库车爆发农民起义，建立热西丁政权；7月，和田建立帕夏政权；10月，伊犁建立苏丹政权；1865年1月，浩罕国（位于今乌兹别克斯坦的浩罕市一带）军官阿古柏入侵新疆；3月，乌市建立清真王政权；同治十年（1871）7月，沙俄武装强占伊犁；1872年6月，阿古柏在新疆的喀什、英吉沙、莎车、和田、阿克苏、乌什、库车悬挂出奥斯曼土耳其帝国国旗并发行货币，占领现今中国疆域六分之一的国土。也是在这个时候，光绪元年（1873），日本入侵台湾。在这种局势下，清廷内部爆发“海防”、“塞防”之争，李鸿章等认为两者“力难兼顾”，主张放弃塞防，将“停撤之饷，即匀作海防之饷”，他向慈禧太后奏曰：“新疆乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人烟稀少。乾隆年间平定新疆，倾全国之力，徒然收数千里旷地，增加千百万开支，实在得不偿失。依臣看，新疆不复，于肢体之元气无伤，收回伊犁，更是不如不收回为好。”左宗棠则力驳李鸿章，他认为：如果丢失新疆，则这块土地不是被西方的英国势力，就是被北方的沙俄鲸吞，中国随即失去西北边防的关卡要塞和重镇，使西北边防无以屏障，到时中国边防的兵力不但不能削减，反而会大大增加。从全局来看，不战而丢新疆的后果，对内必将严重有损国威，丧失民心；对外也必将助长列强的侵略气焰，不利于海防。以李鸿章的主张乃是误国，绝不可行。当时的军机大臣文祥为左宗棠所说服，对其全力支：“老臣以为宗棠之言深谋远虑，上承先皇高宗之遗志，下惠子孙万代，请陛下决策。”于是光绪皇帝和摄政的西太后下诏：“宗棠乃社稷大臣，此次西征以国事而自任，只要边地安宁，朝廷何惜千万金，可从国库拨款五百万，并敕令允其自借外国债五百万。”授左宗棠为钦差大臣，全权节制三军，以将军金顺为副帅，择机出塞平叛新疆。同年5月，左宗棠以64岁的高龄，带着当年林则徐绘制的新疆地图踏上了西去的征程。次年4月，左宗棠坐镇甘肃酒泉，展开收复新疆的战斗。他“舆榇出关”，也就是抬着棺材出了嘉峪关进驻哈密，准备以死相拼。光绪二年（1876）8月上旬，刘锦棠、金顺二部清军从阜康出发，采取声东击西的战法，出奇制胜，迅速于18日收复乌市。左宗棠命刘锦棠部驻守乌市，并继续清剿山中残敌；命金顺挥军西进。昌吉、呼图壁及玛纳斯北城之敌闻风溃逃。11月6日占领玛纳斯南城。1877年4月，左宗棠指挥清军三路并进：刘锦棠部自乌市南下攻达坂；张曜部自哈密西进；记名提督徐占彪部出巴里坤，至盐池与张曜部会师，合攻辟展、吐鲁番。阿古柏见大势已去，5月下旬于库尔勒服毒自杀。阿古柏长子伯克R26;胡里于喀什噶尔(今喀什)称王，企图在英俄庇护下负隅顽抗。10月，刘锦棠部以破竹之势，驰骋2000余里，收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等南疆东四城。12月中下旬连克喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔。伯克R26;胡里、白彦虎等率残部逃入俄境。光绪四年（1878）1月2日，清军攻克和田。至此，整个新疆除沙俄侵占的伊犁地区外，全部收复。1881年初，中俄《伊犁条约》签订，中国收回了伊犁和特克斯河上游两岸领土。仅一年多时间，左宗棠就指挥西征军，攻克了被外寇侵占的南疆八城，收复了除伊犁以外的新疆领土，这是晚清历史上难得一见的伟大胜利，也是左宗棠一生最辉煌的业绩。事毕，左宗棠上表申奏朝廷，光绪帝和摄政的西太后嘉其功，诏封二等侯爵。新疆各地也于大小村镇建立左公祠，烧香礼拜。

收复新疆前后，左宗棠同时也在林则徐之后为巩固边疆、开发新疆做出了卓越贡献：

光绪四年（1878）收复南疆八城后，随即上疏建议新疆改设行省，以收长治久安之效。中俄《伊犁条约》签订后，1882年左宗棠再次向清朝政府奏请新疆建省，提出乘新疆收复伊始和西征大军未撤之威，不失时机地建省设县。这样顺应民心，有利于百废待举，恢复元气，实行切实有效的管理。清朝政府同意后，时任新疆巡抚的刘锦棠，制订了建省的具体方案。省会设于迪化(今乌鲁木齐市)，下设镇迪道、伊塔道、阿克苏道、喀什噶尔道及以下设府、厅、州、县。伊犁仍设将军府，但不再统帅全疆的军政事务，政治中心移至迪化。1884年11月16日，户部奏请添设新疆巡抚、布政使各一人，除刘锦棠任巡抚外，又调甘肃布政使任新疆布政使。从此，新疆省正式建立，其行政区划一直延续至今。